T-ДНК
ДНК фага Т2 - единственная из известных природных ДНК, находящаяся в D-форме. В этой ДНК вместо цитозина содержится 5- гидроксиметилцитозин, кроме того, она глюкозилирована более чем на 70%. Конформационные параметры ДНК фага Т2 (Т-ДНК) близки к таковым для D-ДНК :
( Arnott S. ea, 1974 , Мокульский М.А. и др., 1972 )
| Полинуклеотид \ тип спирали | Шаг спирали А | Расстояние вдоль оси спирали А | Угол между остатками спирального вращения град | Смещение пары от спирали А | Угол наклона оси пары град |
| Poly(dA-dT). poly(dA-dT) /D | 24,2 | 3,03 | 45,0 | -1,8 | -16,4 |
| ДНК Т2 /D | 27,2 | 3,40 | 45 | -1,43 | -6,4 |
В волокнах при относительной влажности выше 95% эта ДНК находится в B-форме , число нуклеотидов на виток равно 10. По мере уменьшения влажности число пар оснований на виток постепенно уменьшается, и при относительной влажности 60% образуется спираль с восемью парами оснований на виток. Из того факта, что В->Т- переход осуществляется постепенно, можно заключить, что закручивание спирали не сопряжено с преодолением какого бы то ни было энергетического барьера, и параметры спирали ДНК фага Т2 плавно меняются в широком диапазоне значений относительной влажности. Напротив, у обычных ДНК B-A переход осуществляется скачкообразно. Это указывает на наличие энергетического барьера между состояниями с конформациями сахара С3'-экзо и С3'-эндо ( Мокульский М.А. и др., 1972 ).
В ДНК фага Т2 на виток спирали высотой 27,2 А приходится восемь нуклеотидов и , таким образом, расстояние между нуклеотидами вдоль оси спирали равно 3,4 А. Поэтому для Т-ДНК характерен лишь небольшой отрицательный наклон пар -6 град., что существенно меньше величины -16 град., свойственной D-ДНК. Сахар находится в С2'-эндо(или С3'-экзо)-конформации, что приводит к смещению оси спирали от центра пары на -1.43 А, т.е. в сторону минорного желобка. В результате у спирали ДНК Т2 минорный желобок глубокий и узкий, а главный желобок - мелкий и широкий.
