D-ДНК
Природные ДНК не образуют двойных спиралей D-типа. Исключение составляют АТ-богатые участки в ДНК с чередующимися последовательностями и ДНК фага Т2 ( T-ДНК ), которую отличает высокая степень модификации.
В D-ДНК, как и в других двойных спиралях В-семейства, фуранозные кольца находятся в конформации С3'-экзо. По сравнению с B-ДНК эта спираль закручена сильнее: на виток приходится всего восемь пар оснований, при этом высота витка равна 24,3 А. Угол спирального вращения в D-ДНК равен 45 град., а расстояние между нуклеотидами вдоль оси спирали - 3,03 А. Ось спирали проходит через минорный желобок , поэтому вандерваальсов диаметр спирали равен 21 А, а угол наклона пары относительно перпендикулярной к оси плоскости составляет -16 град. Поскольку ось спирали проходит через минорный желобок, главный желобок становится более мелким, чем у В- и C-ДНК , а минорный - очень глубоким и узким (ширина минорного желобка D-ДНК - 1,3 А, главного - 8,9 А; глубина минорного желобка - 6,7 А, главного- 5,8 А).
Из-за этого, в свою очередь, фосфатные и кетогруппы (О2) противоположных цепей подходят друг к другу настолько близко, что у молекул воды и катионов появляется возможность образовывать поперечные сшивки и тем самым стабилизировать конформацию D-ДНК.
Ниже в таблице приводятся примеры синтетических полинуклеотидов, находящихся в D-форме в указанных экспериментальных условиях :
| Полинуклеотид | Противоион | Относительная влажность % | Ссылка |
|---|---|---|---|
| Poly(dA-dT)*poly(dA-dT) | Na | 75 | Arnott S. ea, 1974 |
| Poly(dA-dA-dT)*poly(dA- | Na | 66 | Selsing E. ea, 1975 -dT-dT) |
| Poly(dA-dI-dT)*poly(dA- | Na | 66 | Leslie A.G.W. ea, 1980 -dC-dT) |
| Poly(dI-dC)*poly(dI-dC) | Na | 75 | Mitsui Y. ea, 1970 |
