Нуклеазное зондирование
Нуклеазное зондирование - метод локализации структурных переходов, основанный на внесении в ДНК разрывов в местах образования неканонических структур и последующем определении местоположения этих разрывов. Внесение разрывов в ДНК осуществляется с помощью особого класса ферментов - эндонуклеаз, специфически гидролизующих однонитевую ДНК. Эти эндонуклеазы чувствительны даже к незначительным нарушениям спиральной структуры, таким, например, как стыки между B- и Z-спиралями ( Singleton C.K. ea, 1982 ). В крестообразных структурах они наносят разрывы в петлях шпилек крестов ( Lilley D.M.J., 1980 , Panayotatos N. and Wells R.D., 1981 ). Места, чувствительные к действию этих эндонуклеаз, имеются в областях образования H-формы ( Hentschel C.C., 1982 , Larsen A. and Weintraub H., 1982 и Htun H. ea, 1984 ) и в расплетенных участках ДНК. Хотя после нанесения первого однонитевого разрыва неканонические структуры в ДНК через некоторое время исчезают вследствие релаксации напряжения сверхспирализации , напротив однонитевого разрыва ферменты часто разрезают и другую нить ДНК - к таким местам у них также имеется высокая специфичность. Поэтому значительная доля молекул оказывается после обработки эндонуклеазами в линейной форме. Имеется эндонуклеаза, которая специфически расщепляет ДНК в основании крестообразных структур (эндонуклеаза VII фага T4, Lilley D.M.J. and Kemper B., 1984 ).
