Нуклеиновые кислоты: символы

В работах по исследованию нуклеиновых кислот употребляются схемы нумерации атомов и сокращений, рекомендованные комиссией Международного союза общей и прикладной химии ( IUPAC ) и Международным союзом биохимиков ( IUB ).

Подкомиссия IUPAC-IUB выработала единые стандартные определения ( IUPAC-IUB, 1983 ).

 

Сокращения и символы, используемые для обозначения оснований, нуклеозидов и нуклеотидов ( Arnott S., 1970 ).

Основание Нуклеозид НуклеотидНазвание Символ Название СимволНазвание символ
1. Рибонуклеозиды и рибонуклеотиды ;
Урацил Ura Уридин Urd или U Уридиловая 5'-UMPкислота или pU
Цитозин Cyt Цитидин Cyd илиC Цитидиловая  5'-CMPкислота или pC
Аденин Ade Аденозин Ado илиA Адениловая  5'-AMPкислота или pA
Гуанин Gua Гуанозин Guo илиG Гуаниловая  5'-GMPкислота или pG
2. Дезоксирибонуклеозиды и дезоксирибонуклеотиды 
Тимин Thy Дезокситимидин  dThd или dT Дезокситимиди  5'-dTMPловая кислота или pdT
Цитозин Cyt Дезоксицитидин  dCyd или dC Дезоксицитиди  5'-dCMPловая кислота или pdC 
Аденин Ade Дезоксиаденозин  dAdo или dA Дезоксиаденило  5'dAMPвая  кислота или pdA 
Гуанин Gua Дезоксигуанозин  dGuo или dG Дезоксигуанило 5'dGMPвая кислота или pdG 
3.Полинуклетиды.

Синтетические полимеры, состоящие из нуклеотидов одного и того же типа, называют гомополимерами. Обозначение, например, полиадениловая кислота - poly(A)

Синтетические полимеры с чередующейся последовательностью нуклеотидов называются гетерополимерами.

Сополимер с чередованием dA и dT - poly(дезоксиаденилат - дезокситимидилат) обозначается как poly d(A-Т) или poly(dA-dT) или (dA-dT) или d(A-T)n.

Для случайного сополимера dA, dT вместо деффиса между символами ставится запятая, например, poly d(A,T).

Образование комплементарного дуплекса обозначается точкой между символами - poly(dA).poly(dT); тройной спирали - poly(dA).2poly(dT).

Олигонуклеотиды обозначаются следующим образом: например, олигонуклеотид гуанилил-3',5'-цитидилил-3',5'-уридин - GpCpU или GCU, при этом 5'-концевым нуклеотидом является G, а 3'-концевым - U.

Для комплементарно связанных олигонуклеотидов номенклатура следующая:

A C U A G C

U G A U C G

или

A->C->U->A->G->C

U<-G<-A<-U<-C<-G

или

Ap Cp Up Ap Gp C

Up Gp Ap Up Cp G

Cистема нумерации атомов в нуклеиновых кислотах.

На Рис. Полинуклеотидная цепь представлена принятая для нуклеотидов система нумерации атомов. Символы, обозначающие атомы сахара, отличаются от таковых для атомов оснований значком "штрих". Остов полинуклеотида описывают в направлении

P -> O5' -> C5' -> C4' -> C3' -> O3' -> P.

В сахарном кольце нумерация такова:

C1' -> C2' -> C3' -> C4' -> O4' ->C5'.

Двум атомам водорода при атоме C5' и при атоме C2' в дезоксирибозе , а также двум свободным атомам кислорода при атомах фосфора приписываются номера 1 и 2, причем это делается следующим образом: если смотреть вдоль цепи в направлении O5'-> C5', то двигаясь по часовой стрелке, мы будем последовательно проходить атомы C4', H5'1, H5'2. Аналогично, если смотреть вдоль цепи в направлении O3' -> P - O5', то при движении по часовой стрелке мы будем последовательно проходить атомы O5', Op1, Op2.

Ссылки: