В работах по исследованию нуклеиновых кислот употребляются схемы нумерации атомов и сокращений, рекомендованные комиссией Международного союза общей и прикладной химии ( IUPAC ) и Международным союзом биохимиков ( IUB ).

Подкомиссия IUPAC-IUB выработала единые стандартные определения ( IUPAC-IUB, 1983 ).

Сокращения и символы, используемые для обозначения оснований, нуклеозидов и нуклеотидов ( Arnott S., 1970 ).

Основание Нуклеозид Нуклеотид	Название	Символ	Название	Символ	Название	символ
1. Рибонуклеозиды и рибонуклеотиды ;
	Урацил	Ura	Уридин	Urd или U	Уридиловая	5'-UMPкислота или pU
	Цитозин	Cyt	Цитидин	Cyd илиC	Цитидиловая	5'-CMPкислота или pC
	Аденин	Ade	Аденозин	Ado илиA	Адениловая	5'-AMPкислота или pA
	Гуанин	Gua	Гуанозин	Guo илиG	Гуаниловая	5'-GMPкислота или pG
2. Дезоксирибонуклеозиды и дезоксирибонуклеотиды
	Тимин	Thy	Дезокситимидин	dThd или dT	Дезокситимиди	5'-dTMPловая кислота или pdT
	Цитозин	Cyt	Дезоксицитидин	dCyd или dC	Дезоксицитиди	5'-dCMPловая кислота или pdC
	Аденин	Ade	Дезоксиаденозин	dAdo или dA	Дезоксиаденило	5'dAMPвая  кислота или pdA
	Гуанин	Gua	Дезоксигуанозин	dGuo или dG	Дезоксигуанило	5'dGMPвая кислота или pdG

3.Полинуклетиды.

Синтетические полимеры, состоящие из нуклеотидов одного и того же типа, называют гомополимерами. Обозначение, например, полиадениловая кислота - poly(A)

Синтетические полимеры с чередующейся последовательностью нуклеотидов называются гетерополимерами.

Сополимер с чередованием dA и dT - poly(дезоксиаденилат - дезокситимидилат) обозначается как poly d(A-Т) или poly(dA-dT) или (dA-dT) или d(A-T)_n.

Для случайного сополимера dA, dT вместо деффиса между символами ставится запятая, например, poly d(A,T).

Образование комплементарного дуплекса обозначается точкой между символами - poly(dA).poly(dT); тройной спирали - poly(dA).2poly(dT).

Олигонуклеотиды обозначаются следующим образом: например, олигонуклеотид гуанилил-3',5'-цитидилил-3',5'-уридин - GpCpU или GCU, при этом 5'-концевым нуклеотидом является G, а 3'-концевым - U.

Для комплементарно связанных олигонуклеотидов номенклатура следующая:

A C U A G C

U G A U C G

или

A->C->U->A->G->C

U<-G<-A<-U<-C<-G

или

Ap Cp Up Ap Gp C

Up Gp Ap Up Cp G

Cистема нумерации атомов в нуклеиновых кислотах.

На Рис. Полинуклеотидная цепь представлена принятая для нуклеотидов система нумерации атомов. Символы, обозначающие атомы сахара, отличаются от таковых для атомов оснований значком "штрих". Остов полинуклеотида описывают в направлении

P -> O5' -> C5' -> C4' -> C3' -> O3' -> P.

В сахарном кольце нумерация такова:

C1' -> C2' -> C3' -> C4' -> O4' ->C5'.

Двум атомам водорода при атоме C5' и при атоме C2' в дезоксирибозе , а также двум свободным атомам кислорода при атомах фосфора приписываются номера 1 и 2, причем это делается следующим образом: если смотреть вдоль цепи в направлении O5'-> C5', то двигаясь по часовой стрелке, мы будем последовательно проходить атомы C4', H5'1, H5'2. Аналогично, если смотреть вдоль цепи в направлении O3' -> P - O5', то при движении по часовой стрелке мы будем последовательно проходить атомы O5', Op1, Op2.