Нуклеиновые кислоты: символы
В работах по исследованию нуклеиновых кислот употребляются схемы нумерации атомов и сокращений, рекомендованные комиссией Международного союза общей и прикладной химии ( IUPAC ) и Международным союзом биохимиков ( IUB ).
Подкомиссия IUPAC-IUB выработала единые стандартные определения ( IUPAC-IUB, 1983 ).
Сокращения и символы, используемые для обозначения оснований, нуклеозидов и нуклеотидов ( Arnott S., 1970 ).
| Основание Нуклеозид Нуклеотид | Название | Символ | Название | Символ | Название | символ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. Рибонуклеозиды и рибонуклеотиды ; | ||||||
| Урацил | Ura | Уридин | Urd или U | Уридиловая | 5'-UMPкислота или pU | |
| Цитозин | Cyt | Цитидин | Cyd илиC | Цитидиловая | 5'-CMPкислота или pC | |
| Аденин | Ade | Аденозин | Ado илиA | Адениловая | 5'-AMPкислота или pA | |
| Гуанин | Gua | Гуанозин | Guo илиG | Гуаниловая | 5'-GMPкислота или pG | |
| 2. Дезоксирибонуклеозиды и дезоксирибонуклеотиды | ||||||
| Тимин | Thy | Дезокситимидин | dThd или dT | Дезокситимиди | 5'-dTMPловая кислота или pdT | |
| Цитозин | Cyt | Дезоксицитидин | dCyd или dC | Дезоксицитиди | 5'-dCMPловая кислота или pdC | |
| Аденин | Ade | Дезоксиаденозин | dAdo или dA | Дезоксиаденило | 5'dAMPвая кислота или pdA | |
| Гуанин | Gua | Дезоксигуанозин | dGuo или dG | Дезоксигуанило | 5'dGMPвая кислота или pdG |
Синтетические полимеры, состоящие из нуклеотидов одного и того же типа, называют гомополимерами. Обозначение, например, полиадениловая кислота - poly(A)
Синтетические полимеры с чередующейся последовательностью нуклеотидов называются гетерополимерами.
Сополимер с чередованием dA и dT - poly(дезоксиаденилат - дезокситимидилат) обозначается как poly d(A-Т) или poly(dA-dT) или (dA-dT) или d(A-T)n.
Для случайного сополимера dA, dT вместо деффиса между символами ставится запятая, например, poly d(A,T).
Образование комплементарного дуплекса обозначается точкой между символами - poly(dA).poly(dT); тройной спирали - poly(dA).2poly(dT).
Олигонуклеотиды обозначаются следующим образом: например, олигонуклеотид гуанилил-3',5'-цитидилил-3',5'-уридин - GpCpU или GCU, при этом 5'-концевым нуклеотидом является G, а 3'-концевым - U.
Для комплементарно связанных олигонуклеотидов номенклатура следующая:
A C U A G C
U G A U C G
или
A->C->U->A->G->C
U<-G<-A<-U<-C<-G
или
Ap Cp Up Ap Gp C
Up Gp Ap Up Cp G
Cистема нумерации атомов в нуклеиновых кислотах.
На Рис. Полинуклеотидная цепь представлена принятая для нуклеотидов система нумерации атомов. Символы, обозначающие атомы сахара, отличаются от таковых для атомов оснований значком "штрих". Остов полинуклеотида описывают в направлении
P -> O5' -> C5' -> C4' -> C3' -> O3' -> P.
В сахарном кольце нумерация такова:
C1' -> C2' -> C3' -> C4' -> O4' ->C5'.
Двум атомам водорода при атоме C5' и при атоме C2' в дезоксирибозе , а также двум свободным атомам кислорода при атомах фосфора приписываются номера 1 и 2, причем это делается следующим образом: если смотреть вдоль цепи в направлении O5'-> C5', то двигаясь по часовой стрелке, мы будем последовательно проходить атомы C4', H5'1, H5'2. Аналогично, если смотреть вдоль цепи в направлении O3' -> P - O5', то при движении по часовой стрелке мы будем последовательно проходить атомы O5', Op1, Op2.
