Филогения подтипа Branchiata
Среди ракообразных примитивные признаки сохраняются полнее всего у отряда жаброногих (Anostraca) : туловище их гомономно расчленено. Антенны иннервируются от окологлоточных коннективов, нервная система имеет характер брюшной лестницы и мало концентрирована, сердце длинное, трубчатое. Короткие конечности двуветвисты, сохраняется первичная голова - протоцефалон. Число сегментов у жаброногих очень велико - до 31 (Branchipus и др.). Велико оно и в другом очень примитивном отряде листоногих раков (Phyllopoda), в частности в подотряде щитней (Notostraca) достигает 46; у раковинных листоногих раков (подотряд Conchostraca) в состав тела входит 36 - 14 сегментов; среди этих ракообразных есть формы, во многих отношениях приближающиеся к подотряду ветвистоусых (Cladocera), примитивные представители которых (Sida) имеют только 10 сегментов (считая и входящие в состав головы), у прочих же ветвистоусых число сегментов падает до 9, а у специализированного Polyphaemus - даже до 8. Примитивны и цефалокариды, сохранившие ряд признаков, характерных, по - видимому, для предков всех ракообразных.
Другие линии эволюции ракообразных представляют подклассы ракушковых (Ostracoda) и максиллопод (Maxillopoda) . Эти специализированные в разных направлениях группы, несомненно, тоже произошедшие от многосегментных предков (хотя точные филогенетические связи их неясны), обладают небольшим числом сегментов (Ostracoda - менее 10, Maxillopoda - 14). Таким образом, у ракообразных мы видим в разных филогенетических ветвях независимую и параллельную олигомеризацию сегментов.
Несомненно, подкл. Malacostraca не находится в непосредственном родстве с другими подклассами, так как в некоторых отношениях они примитивнее остальных ракообразных (наличие у них брюшных ножек, сохранение первичной головы - протоцефалона, свойственной лишь самым низшим группами раков, и т. п.). Поэтому надо считать, что подкласс Malacostraca берет начало независимо от других подклассов от общих для всех ракообразных примитивных и отдаленных предков.
Среди высших раков наиболее примитивен отряд тонкопанцирных (Leptostraca). Об этом можно судить по присутствию у взрослых раков двух пар целомодуктов - антеннальных и максиллярных желез, наличию седьмого сегмента брюшка и т. д., напротив, отряды Isopoda и Amphipoda отличаются далеко зашедшей цефализацией, у них сложная голова, к которой присоединились 1 - 2 сегмента груди.