Выявление рака посредством метилирования ДНК
Тот факт, что локальное гиперметилирование островков CpG является таким обычным в раковых клетках, в сочетании с возможностью определять метилирование с высокой степенью чувствительности, привело к развитию нескольких подходов по определению рака с использованием жидкостей организма. Приобретенные изменения в метилировании островков CpG могут быть определены на фоне, характерном для нормальных клеток, после конверсии цитозинов в урацилы, при том, что 5-метилцитозин в ДНК, обработанной бисульфитом натрия остается интактным. Очень чувствительными являются методы ПЦР , например ПЦР, специфическая к метилированию (MSP-methylation-specific PCR), при которой праймеры сконструированы так, чтобы амплифицировать только метилированные участки. Другие методы включают способы, основанные на ПЦР в реальном времени, такие как "MethyLight", где флуоресцентный зонд, который может связываться только с метилированной ДНК, используется для выявления паттернов метилирования (как показано на левом рис. 24 , где на оси Y - гены, а на оси X - типы опухолей). Эти методики могут выявлять одну метилированную аллель на фоне примерно 1.000-10.000 аллелей. Таким образом, приобретение аномального паттерна метилирования может быть легко определено; эти подходы применимы к смесям клеток или даже к разным биологическим жидкостям, таким как плазма крови, моча или мокрота ( Laird, 2003 ). Диагностика рака посредством идентификации измененного метилирования цитозина довольно надежна из-за свойственной ДНК стабильности, в отличие от РНК и белков. Кроме того, из-за того что измененные паттерны метилирования часто канцеро-специфичны, эти методы могут быть способны отличить один тип рака от другого. Сейчас имеется целый ряд исследований, как было упомянуто выше, обеспечивающих "proof of principle" для многообещающего использования гиперметилированных последовательностей ДНК промотора как исключительно чувствительной стратегии для предсказания риска раковых заболеваний или выявления их. Окончательное доказательство того, насколько ценным этот подход окажется для клиники, дожидается более широких исследований, в которых будет дана полная оценка современных гипотез. Такие исследования безусловно будут проведены в ближайшие годы.
