Табл. 9.1(epig). Геномные и эпигенетические компоненты у используемых эпигенетических модельных систем
|
Свойства |
Saccharomyces cerevisiae |
Schizosaccharomyces pombe |
Neurospora crassa |
Caenorhabditis elegans |
Drosophila melanogaster |
Млекопитающие |
Растения |
|
Размер генома |
12 Mb |
14 Mb |
40 Mb |
100 Mb |
180 Mb |
3400 Mb |
150-5000 Mb |
|
Число генов |
6000 |
5000 |
10000 |
20000 |
14000 |
25000-30000 |
25000-40000 |
|
Средний размер гена |
1.45 kb |
1.45 kb |
1.7 |
2 kb |
5 kb |
35-46 kb |
2 kb |
|
Среднее число интронов в гене |
< 1 (4% генов с интронами) |
2 (40% генов с интронами) |
2 |
5 |
3 |
6-8 |
4-5 |
|
% генома, кодирующего белки |
70 |
60 |
44 |
25 |
13 |
4(Hs) |
26 (At)10 (Os) |
|
Замалчивание транспозонов |
(+) |
+ |
+ (+ RIP)a |
+ |
+ |
+ |
+ |
|
Импринтинг |
- |
- |
- |
- |
+ 6 |
+ |
+ |
|
RNAi механизмы |
- |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
|
Репрессивное метилирование гистонов |
- - |
H3K9 + |
H3K9 + H3K27 + |
H3K9 + H3K27 + |
H3K9 + H3K27 + |
H3K9 (+) H3K27+ |
H3K9 + H3K27 + |
|
ДНК метилирование в сайтах CG иCNG/ CNN |
- -
|
- |
+ + |
- -
|
- (+)
|
+ (-)
|
+ (+) |
|
Гены узнавания и метилирования ДНК |
- -
|
+в |
+ |
+г |
+а |
+ |
+ |
|
НР1-подобный белок |
- |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
|
Белки группы Polycomb |
- |
- |
- |
+ |
+ |
+ |
+ |
Сведения о геномных и эпигенетических компонентах у используемых эпигенетических модельных систем.
(At) Arabidopsis thaliana, (Cb) Caenorhabditis briggsae, (Ce) Caenorhabditis elegans, (Dm) Drosophila melanogaster, (Hs) Homo sapiens, (Os) Oryza saliva, (Pp) Pristionchus pacificus.
a) Repeat-индуцированная точечная мутация, см. главу " ЭПИГЕНЕТИКА SCHIZOSACCHAROMYCES РОМВЕ И NEUROSPORA CRASSA ".
б) Хромосомная или геномная специфичность.
в) Мутированная Dnmt2.
г) Dnmt2 (Рр) и MBD-доменные белки (Се, Сb, Рр).
д) Dnmt2 (Рр) и MBD-доменные белки.
