Табл. 9.1(epig). Геномные и эпигенетические компоненты у используемых эпигенетических модельных систем

Свойства

Saccharomyces cerevisiae

Schizosaccharomyces pombe

Neurospora crassa

Caenorhabditis elegans

Drosophila melanogaster

Млекопитающие

Растения

Размер генома

12 Mb

14 Mb

40 Mb

100 Mb

180 Mb

3400 Mb

150-5000 Mb

Число генов

6000

5000

10000

20000

14000

25000-30000

25000-40000

Средний размер гена

1.45 kb

1.45 kb

1.7

2 kb

5 kb

35-46 kb

2 kb

Среднее число интронов в гене

< 1 (4% генов с интронами)

2 (40% генов с интронами)

2

5

3

6-8

4-5

% генома, кодирующего белки

70

60

44

25

13

4(Hs)

26 (At)10 (Os)

Замалчивание транспозонов

(+)

+

+ (+ RIP)a

+

+

+

+

Импринтинг

 -

-

-

-

+ 6

+

+

RNAi механизмы

 -

+

+

+

+

+

+

Репрессивное метилирование гистонов

 -

 -

H3K9 +

H3K9 + H3K27 +

H3K9 + H3K27 +

H3K9 + H3K27 +

H3K9 (+) H3K27+

H3K9 + H3K27 +

ДНК метилирование в сайтах CG иCNG/ CNN

 -

 -

 

-

 +

 +

 -

 -

 

 -

 (+)

 

 +

 (-)

 

 +

 (+)

Гены узнавания и метилирования ДНК

 -

 -

 

+в

+

+г

+а

+

+

НР1-подобный белок

-

+

+

+

+

+

+

Белки группы Polycomb

-

-

-

+

+

+

+

Сведения о геномных и эпигенетических компонентах у используемых эпигенетических модельных систем.

(At) Arabidopsis thaliana, (Cb) Caenorhabditis briggsae, (Ce) Caenorhabditis elegans, (Dm) Drosophila melanogaster, (Hs) Homo sapiens, (Os) Oryza saliva, (Pp) Pristionchus pacificus.

a) Repeat-индуцированная точечная мутация, см. главу " ЭПИГЕНЕТИКА SCHIZOSACCHAROMYCES РОМВЕ И NEUROSPORA CRASSA ".

б) Хромосомная или геномная специфичность.

в) Мутированная Dnmt2.

г) Dnmt2 (Рр) и MBD-доменные белки (Се, Сb, Рр).

д) Dnmt2 (Рр) и MBD-доменные белки.

Ссылки: