Транскрипция: пауза (pause), природа сигналов
Сигналы, вызывающие задержку элонгации, многокомпонентны. Они включают элементы как РНК, так и ДНК.
Во многих сайтах задержки элонгации РНК-полимераза синтезирует участок РНК, который имеет склонность образовывать стабильную вторичную структуру. В этом случае мутации, разрушающие шпильку, уменьшают время полужизни комплекса в состоянии задержки элонгации, а мутации, восстанавливающие вторичную структуру, увеличивают время полужизни. Видимо, вторичная структура, а не конкретная последовательность нуклеотидов внутри шпильки существенна для задержки элонгации растущей цепи РНК. В пользу этого свидетельствует факт включения в РНК IMP вместо GMP, приводящий к снижению числа водородных связей в шпильках, а следовательно, и их прочности, что приводит к элиминации некоторых мест задержки элонгации. Образование шпильки в РНК еще не является достаточным условием задержки транскрипции в соответствующем участке матрицы, так как многие места задержки не содержат таких последовательностей.
Последовательности ДНК и РНК, расположенные между основанием шпильки и активным центром РНК-полимеразы, также оказывают влияние на задержку элонгации. Замены нуклеотидов в 3'-концевых частях таких последовательностей сопровождаются изменениями времени полужизни комплекса в состоянии задержки. Полагают, что в этом случае вторичная структура РНК не имеет отношения к наблюдаемым эффектам.
Сигналы задержки элонгации могут действовать не только через РНК, но и на уровне ДНК. Так, последовательности, расположенные даже на 17 нуклеотидов ниже участка задержки транскрипции, оказывают влияние на задержку. Полагают, что одной из причин этого может быть воздействие таких последовательностей на способность РНК-полимеразы создавать локально расплетенный участок матричной ДНК. Альтернативным объяснением является влияние таких участков матричной ДНК на конформацию РНК- полимеразы. В случае РНК-полимеразы E.coli эти участки ДНК находятся в контакте с ферментом в одном из его ДНК-связывающих сайтов. С помощью мутационного анализа было установлено, что на задержку элонгации могут оказывать влияние и последовательности нуклеотидов нематричной цепи ДНК.
См. ТРАНСКРИПЦИОННАЯ ПАУЗА ГЕНОВ ТЕПЛОВОГО ШОКА (HSP)
