Картирование длинных рестрикционных фрагментов
Делеционное картирование помогает установить относительное расположение генетических маркеров, однако оно не дает точной информации о расстоянии между ними. Информацию о физическом расстоянии дает картирование длинных рестрикционных фрагментов.
Сначала с помощью рестриктаз, расщепляющих ДНК в далеко отстоящих друг от друга точках, получают крупные фрагменты ДНК (100000-4000000 нуклеотидов), их разделяют с помощью импульсного электрофореза в геле и гибридизуют с несколькими олигонуклеотидными зондами методом блоттинга по Саузерну . Если два зонда связываются с одним рестрикционным фрагментом длиной 200000 нуклеотидов, следовательно, это и есть максимальное расстояние между участками, комплементарными этим зондам.
Для физического картирования используют также клоны искусственных дрожжевых хромосом, в которые встраивают крупные фрагменты геномной ДНК (от 50000 до 1-2 млн нуклеотидов). Искусственные дрожжевые хромосомы содержат теломеры и центромеры дрожжей и размножаются в дрожжевой клетке-хозяине как отдельные хромосомы.
