Аптамеры sEcap и sTap: взаимодействие с сигма-субъединицами
Для анализа механизмов узнавания ДНК свободной сигма-субъединицей были получены аптамеры, способные взаимодействовать с сигма- субъединицами РНК-полимеразы (РНКП) - аптамеры к сигма70-субъединице E. coli и аптамеры к сигмаA-субъединице T. aquaticus - sEcap (sigma E. coli aptamer) и sTap (sigma T. aquaticus aptamer), соответственно ( Рис. 2.4 ). Аптамеры имеют в своем составе консервативные мотивы, соответствующие -10 и TG -элементам промотора ( Рис. 2.4 ). В аптамерах sEcap содержится консервативный мотив TGTAGAAT (TAGAAT -10 элемент промотора), а в аптамерах sTap - TG(C/T)ATAATGGGA ((C/T)ATAAT - 10 элемент промотора).
Предполагаемая вторичная структура sEcap и sTap приведена на Рис. 2.3 . Аптамер sEcap1 образует структуру G-квадруплекса, на 3'- концевой части которого располагается консервативный мотив, а аптамер sTap1 имеет структуру шпильки. Аптамеры взаимодействуют с сигма- субъединицами с высокой аффинностью (Кд комплексов составляют 10-20 нМ, Табл. 2.1 ). Укороченные варианты аптамеров ( Рис. 2.3 ) взаимодействуют с сигма-субъединицами с такой же аффинностью, как и полноразмерные варианты. Аптамер sEcap1, помимо сигма70-субъединицы, способен узнавать сигмаA-субъединицу T. aquaticus. В то же время, аптамер sTap1 высокоспецифичен к сигма-субъединице T. aquaticus и не взаимодействует с сигма-субъединицами E. coli и других бактерий ( Табл. 2.1 ). Установлено также, что сигма-субъединица в свободном состоянии специфически узнает различные промоторные элементы в составе аптамеров.
