Сорангицин - функциональный аналог рифампицина
Полиэфирный антибиотик сорангицин (Sor) ( Рис. 5.13 А) ( Irschik et al., 1987 ), по-видимому, ингибирует бактериальную РНКП по тому же механизму, что и антибиотики рифампицинового ряда. Несмотря на то, что структура сорангицина значительно отличается от рифампицина, связывание антибиотика происходит в том же кармане бета-субъединицы РНК-полимеразы (РНКП), причем позиции антибиотиков практически полностью совпадают ( Рис. 5.13 Б) ( Campbell et al., 2005 ). Многие ключевые контакты РНКП с молекулой рифампицина совпадают с контактами РНКП с сорангицином ( Рис. 5.14 , А и Б). Все известные мутантные варианты РНКП, устойчивые к сорангицину, оказываются также устойчивы к рифампицину. В то же время, значительная часть рифампицин-устойчивых мутантов остается чувствительна к сорангицину ( Campbell et al., 2005 ). Вероятно, это объясняется большей структурной гибкостью молекулы сорангицина, обеспечивающей связывание с РНКП даже при изменении структуры антибиотик-связывающего кармана в результате мутаций.
Сорангицин, также как и рифампицин, подавляет инициацию транскрипции и синтез РНК-транскриптов длиннее динуклеотида ( Campbell et al., 2005 ). Это позволило предположить, что механизм действия сорангицина заключается в стерическом блокировании канала выхода РНК. В то же время, как и в случае рифампицина, в комплексе РНКП с сорангицином отсутствует каталитический ион магния в активном центре ( Campbell et al., 2005 ). Таким образом, вероятно, что сорангицин также способен вызывать аллостерические изменения в структуре активного центра, что может вносить вклад в ингибирование транскрипции.
