Специфическое узнавание ДНК кор-ферментом РНК-полимеразы
Несмотря на то, что основную роль в узнавании специфических промоторных элементов играет сигма-субъединица РНКП, показано, что кор- фермент также способен участвовать в специфическом узнавании ДНК. В частности, было показано, что различия в узнавании промоторов РНКП разных бактерий могут зависеть от свойств кор-фермента РНКП ( Aniskovitch and Winkler, 1995 ; Artsimovitch et al., 2000 ). Кроме того, кор-фермент способен узнавать регуляторные последовательности в ДНК и РНК на стадиях элонгации и терминации транскрипции ( Artsimovitch and Landick, 2000 ). Однако, механизмы специфических взаимодействий кор-фермента с нуклеиновыми кислотами остаются в основном неизвестными.
Аптамеры к кор-ферменту РНКП представляют новый тип последовательностей, которые специфически узнаются кор-ферментом. Изучение мутантных вариантов аптамеров показало, что двунитевые участки, входящие в состав аптамеров (например, в аптамерах Т1, Т3, Т5 и Е5, см. " Общая характеристика аптамеров " ), узнаются кор-ферментом сиквенс-неспецифически; замены данных участков на другие последовательности не нарушает связывание аптамеров. В то же время, взаимодействие кор-фермента однонитевыми участками аптамеров очень специфично, и даже единичные нуклеотидные замены нарушают связывание. Весьма вероятно, что специфическое узнавание аптамеров происходит в тех же участках кор-фермента, которые взаимодействуют с регуляторными последовательностями ДНК и РНК на разных стадиях транскрипции.
