Общая характеристика аптамеров к кор-ферменту РНКП
В результате проведенных экспериментов было получено пять различных классов аптамеров к кор-ферментам РНК-полимеразы (РНКП) T. aquaticus (Т1-Т5) и тринадцать классов аптамеров к кор-РНКП E. coli (Е1-Е13). В большинстве случаев каждый класс аптамеров включал несколько сходных последовательностей; некоторые из классов были представлены уникальными последовательностями (аптамеры Е6, Е7, Е8, Е1, Е12 в случае РНКП E. coli, аптамеры Т2 и Т4 в случае РНКП T. aquaticus).
Анализ последовательностей аптамеров показал, что большинство из них, вероятно, формируют разнообразные шпильки и G-квартеты . Были получены минимизированные варианты аптамеров Т1, Т3, Т4, Т5 и Е5, связывающиеся с РНКП с такой же аффинностью, как и полноразмерные лиганды. Было установлено, что все аптамеры, полученные при отборе к кор-ферментам РНКП E. coli (Е1-Е13) и T. aquaticus (Т1-Т5) обладают исключительно высоким сродством к РНКП E. coli и T. aquaticus, соответственно.
Комплексы аптамеров с РНКП очень стабильны, их времена полужизни составляют десятки минут. Аптамеры высокоспецифичны к своим мишеням: лиганды к РНКП T. aquaticus не взаимодействуют с РНКП E. coli и наоборот. В то же время, большинство аптамеров к РНКП T. aquaticus способны взаимодействовать с РНКП близкородственной бактерии Thermus thermophilus .
