Узнавание GGGA-элемента РНКП E. coli
РНК-полимераза (РНКП) E. coli и T. aquaticus узнают промоторы, содержащие GGGA-элемент, с разной специфичностью. Эти различия могли бы объясняться различиями в специфичности узнавания GGGA-элемента сигма- субъединицами E. coli и T. aquaticus.
Проведенные исследования показали, что район 1.2 сигма70- субъединицы E. coli способен узнавать GGGA-элемент в составе аптамеров с той же специфичностью, что и сигмаA-субъединица T. aquaticus ( Рис. 3.3 А). Показано также, что район 1.2 сигма70-субъединицы способен узнавать GGGA-элемент и в составе двунитевых промоторов ( Рис. 3.3 Б).
В то же время, гибридные холоферменты , состоящие из кор-фермента E. coli и сигмаA-субъединицы T. aquaticus, либо химерной сигма- субъединицы, не способны узнавать sTap2-промотор, хотя и обладают нормальной активностью на контрольном промоторе Т7A1 ( Рис. 3.3 Б). Это означает, что неспособность РНКП E. coli к инициации транскрипции на GGGA-содержащих промоторах (в частности, на промоторе sTap2) в отсутствие -35 элемента, по-видимому, определяется свойствами кор- фермента РНКП, а не сигма70-субъединицы.
Так как район 1.2 сигма70-субъединицы способен узнавать GGGA- элемент, было сделано предположение, что холофермент РНКП E. coli может обладать способностью к узнаванию GGGA в составе промоторов, содержащих -35 элемент. Показано, что удаление GGGA-элемента приводит к изменению общей картины транскрипции и, в частности, к значительному уменьшению количества коротких абортивных продуктов, синтезируемых в ходе инициации ( Рис. 3.3 В). Таким образом, GGGA-элемент играет функциональную роль в узнавании промоторов холоферментом РНКП E. coli (см. " GGGA-элемент: стабилизация промоторных комплексов ").
