Фотоаптамеры
Использование при отборе модифицированных олигонуклеотидов, содержащих функциональные группы, которые могут быть активированы при облучении (например, 5-йод-, 5-бром и 4-тио-уридин), позволяет получить аптамеры , способные к образованию ковалентных сшивок с белком-мишенью (так называемые фотоаптамеры) ( Golden et al., 2000 ; Jensen et al., 1995 ). При этом в каждом раунде отбора производится облучение комплексов олигонуклеотидов с белком-мишенью ультрафиолетовым светом и отбор последовательностей, образовавших сшивку (например, при помощи электрофореза в денатурирующих условиях). Метод получения фотоаптамеров получил название "ковалентного" SELEX (covalent SELEX). Использование фотоаптамеров значительно повышает специфичность узнавания белка-мишени, так как для образования сшивки кроме простого связывания аптамера с белком необходимо правильное взаимное расположение участков нуклеиновой кислоты и белка, образующих сшивку ( Petach and Gold, 2002 ; Smith et al., 2003 ). Технология получения аптамеров, способных к образованию ковалентных сшивок с белками-мишенями, используется в для создания микрочипов для анализа экспрессии различных белков человека ( Bock et al., 2004 ; Golden et al., 2000 ). См. " Методы отбора аптамеров: использование модифицированных нуклеотидов ".
