Предварительная обработка прочтений при секвенировании
Прочтения, полученные в ходе секвенирования по Сэнгеру, в формате .ab1 обрабатывали с помощью программы 4Peaks (www.nucleobytes.com). Прочтения, полученные в ходе высокопроизводительного секвенирования, обрабатывали с помощью программы CLC Genomics Workbench 6 (CLC Bio-Qiagen, Aarhus, Дания). Прочтения подвергали обрезанию по качеству: все позиции начиная с 5-конца удаляли вплоть до первой высококачественной позиции, последовательности адаптеров удаляли с обоих концов чтений. Все прочтения, длина которых после фильтраций стала меньше 50 п.о., отсеивались. Далее прочтения с обоих концов соединяли в единые последовательности. Затем, последовательности фильтровали по длине - для амплифицированных фрагментов V3-V4 гена 16S рРНК отсеивали последовательности длиной менее 400 п.о., для последовательностей случайных фрагментов из метагеномных библиотек отсеивали последовательности длиной менее 50 п.о.
