Разнообразие микроорганизмов: секвенирование ДНК фрагментов
Последовательности ДНК клонированных фрагментов 16S рРНК гена и амплифицированных фрагментов генов 16S рРНК на матрице клеток бактерий, давших рост колоний на питательной среде, определяли на автоматическом 16-ти капиллярном секвенаторе Applied Biosystems 3130xl (Applied Byosistems, США) с набором реагентов наборы реактивов для проведения реакций BigDye v.3.1 (Applied Byosistems, США) в Институте Вирусологии им. Виноградского. Выходная длина прочтений составила 1000 п.о.
Секвенирование библиотек фрагментов V3-V4 гена 16S рРНК, амплифицированных спейсеров CRISPR кассет Flavobacterium psychrophilum , а также метагеномное секвенирование случайных фрагментов ДНК проводили на платформе Illumina MiSeq с набором реагентов MiSeq reagent kit v.2 (Illumina, США) в лаборатории эволюционной геномики Московского государственного университета им. М.В.Ломоносова. Секвенирование и предварительная очистка прочтений проводились согласно [ 132 ]. Выходная длина прочтений составила 250 п.о.
