Разнообразие микроорганизмов: статистический анализ
Коэффициент корреляции Пирсона рассчитывали по формуле (3) ;
где r - коэффициент корреляции Пирсона, t - число связанных рангов в ряду двух сравниваемых множеств, n - число рангов.
Оценка достоверности различий проводилась с помощью p-value. P-value рассчитывали с помощью tdist() функции в программе Microsoft exel [ 146 ].
Индекс видового разнообразия Шеннона (H) и индекс доминирования Симпсона (C) для сообществ микроорганизмов в каждом образце определяли с помощью пакета программ "Shannon and Chao1 index RDP" [ 133 ].
При оценке покрытия (отношение числа обнаруженных видов к истинному числу видов , составляющих сообщество) библиотек фрагментов генов 16S рРНК, использовали две непараметрические оценки.
1) Оценка покрытия, рассчитанная по формуле Гуда [ 147 ]:
С=1-F1/n,
где F1 - число последовательностей, принадлежащих к видам, встречающихся в библиотеках один раз; n - число всех последовательностей в библиотеке.
2) Оценка покрытия, рассчитанная по формуле Чао [ 148 ]:
С(ACE)=1-F1/N(rare),
где F1 - число последовательностей, принадлежащих к видам, встречающихся в библиотеках один раз; N(rare) - общее число последовательностей, принадлежащих к видам, встречающимся в библиотеке 10 раз или реже.
Кривые насыщения были посчитаны и визуализированы с помощью пакета "vegan" (функция "rarecurve") в среде статистических вычислений R, количество итераций - 1000, все параметры - стандартные.
