Разнообразие микроорганизмов: филогенетический анализ
Оценку сходства последовательностей гена 16S рРНК изолятов бактерий проводили с помощью программы Blastn на веб-сервере NCBI (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov).
Последовательности, содержащие клонированные фрагменты гена 16S рРНК фильтровали от химерных последовательностей с помощью инструмента "UCHIME" и анализировали с помощью пакета программ "RDP Classifier" [ 133 ]. Последовательности, содержащие амплифицированные фрагменты V3-V4 гена 16S рРНК, анализировали с помощью пакета программ "RDPipeline Classifier" по схеме "16S Supervised Workflow" [ 133 , 134 ]. Последовательности, содержащие случайные фрагментыов из метагеномных библиотек, анализировали с помощью пакета программ MG-RAST "Best hit Classification" [ 135 ].
