Разнообразие микроорганизмов: функциональный анализ
Чтения, содержащие случайных фрагментов из метагеномных библиотек, анализировали с помощью пакета программ MG-RAST "Hierarchical classification" [ 135 ]. Эта программа предсказывает гены на основе FragGeneScan, а затем проводит поиск их гомологов с помощью BLAT в собственной объединенной базе данных, которая интегрирует несколько внешних баз данных - GenBank, KEGG, COG, SEED и UniProt. Генам, имеющим совпадение в объединенной базе данных, были присвоены несколько функциональных категорий, соответствующих разным уровням подсистем [ 135 ].
Сравнение функциональных категорий генов в образцах из различных экосистем проводили с помощью биоинформатической программы статистической обработки данных STAMP [ 136 ]. Файлы в формате .biom, содержащие информацию о сравниваемых категориях генов между образцами, получали с помощью программы MG-RAST "Hierarchical classification" [ 135 ] и импортировали в STAMP. Статистически значимые отличия между двумя группами метагеномов мы определяли с помощью Welch's t-test, поправка (коррекция) на множественное тестирование проводилось с помощью FDR (Behjamimi Hochberg) [ 137 ].
