Микоплазмы: таксономия: филогенетический подход
В идеальном случае систематика должна быть основана на данных филогении, отражающей особенности эволюции организмов и видообразования. Построение новых филогенетических древ стало возможным благодаря развитию молекулярной биологии.
Начиная с 80-х годов для решения вопросов филогении и таксономии микроорганизмов применяются молекулярно-генетические методы: ДНК- гибридизация, электрофоретический анализ (рестрикционные спектры ДНК) и полимеразная цепная реакция (ПЦР).
В результате анализа нуклеотидных последовательностей геномов микоплазм было обнаружено, что для всех представителей класса Mollicutes характерны генетическая гетерогенность и выраженная нестабильность генома. Оказалось, что для некоторых видов микоплазм уровень гомологии, оцениваемый по гибридизуемости геномных ДНК, составляет менее 2 % ( Aulakh et al., 1983 ). При этом гены рРНК являются единственными участками протяженной гомологии геномов некоторых видов микоплазм, принадлежащих к одному роду ( Чернова и др., 1986 ). В систематике микроорганизмов принято, что таксон "вид" у бактерий может объединять штаммы, имеющие не менее 70 % гомологии по ДНК. Сравнительный анализ полных геномных последовательностей бактериальных штаммов несомненно будет более информативным для классификации микроорганизмов, в том числе для разделения таксонов, чем простое (и не очень точное) определение процента гомологии ДНК по результатам гибридизационного анализа.
Анализ нуклеотидных последовательностей 16S рРНК, 5S рРНК и тРНК ( Woese et al., 1980 ; Maniloff, 1983 ; Rogers et al., 1985 ; Weisburg et al., 1989 ) - консервативных молекул, широко использующихся в качестве филогенетических маркеров разных организмов, - способствовал не только прояснению происхождения микоплазм ( рис. 1 ), но и разрешению спорных вопросов их таксономии ( рис. 2 ).
В классе Mollicutes насчитывается 8 родов ( рис. 2 ), при этом филогенетически близкородственные виды группы "mycoides" разнесены в три различных рода: Mycoplasma, Entomoplasma и Mesoplasma ( табл. 1 ).
