Мутации: методы обнаружения: общие сведения
В общем случае секвенирование полноразмерной кДНК, или всех экзонов, для генотипирования мутаций у отдельных пациентов достаточно трудоемко, дорого и требует больших затрат времени. Поэтому на практике чаще проводят предварительный отбор более простыми методами амплифицированных, а иногда клонированных фрагментов ДНК, предположительно содержащих мутации, а затем секвенируют только эти участки ДНК. Методы поиска фрагментов ДНК, предположительно содержащих мутации, основаны на сравнительном анализе мутантных и нормальных последовательностей по целому ряду физических и химических характеристик, которые в значительной степени варьируют в зависимости от типа мутационного повреждения. Следует подчеркнуть, что, независимо от метода детекции мутации и практически независимо от ее природы (замены нуклеотидов, делеции, дупликации и пр.), точные молекулярные характеристики каждой мутации могут быть получены только путем прямого секвенирования . При наличии в амплифицированном фрагменте известных сайтов рестрикции положение мутации может быть предварительно уточнено. Для этого продукты амплификации разрезают соответствующей эндонуклеазой и исследуют более короткие фрагменты.
