Замены нуклеотидов в последовательностях ДНК: введение
В основе эволюции последовательностей ДНК лежит процесс их изменения (мутирования) со временем. Этот процесс требует детального рассмотрения, так как различия в родственных последовательностях используются оценки темпов дивергенции последовательностей, для построения филогенетических деревьев и для многого другого.
В то же время процесс естественного мутирования нуклеотидных последовательностей идет необычайно медленно, жизнь исследователя слишком мала для его прямого наблюдения. Вследствии этого мы вынуждены применять сравнительные методы анализа. Такие методы анализа требуют развитого статистического аппарата и разработок соответствующих моделей.
Для изучения динамики нуклеотидных замен, мы должны принять некоторые исходные допущения касательно вероятности замены одного нуклеотида на другой. В последнее время было предложено множество моделей замен нуклеотидов. Мы остановимся лишь на двух наиболее известных: одно-параметрической модели Кантора и Джукса ( Jukes & Cantor, 1969 ), и двух-параметрической модели Кимуры ( Kimura,1980 ). Обзор некоторых других моделей можно найти в статье Ли c соавторами ( Li et.al.,1985 ).
