Анализ сайтов негомологичных рекомбинаций
Весьма интересный подход использован в работе ( Konopka, 1988 ) для оценки неслучайности встречаемости в районах негомологичных рекомбинаций сайтов топоизомеразы I (точнее тринуклеотидов VAT и STY, которые связаны с топоизомеразной активностью ), а также участков потенциальной z-ДНК , полипуриновых и полипиримидиновых трактов, число A и T оснований в этих районах. В последовательности k-го сайта подсчитывалось число структур определенного типа f (например, число сайтов топоизомеразы). Затем это величина суммировалась по всем N исследуемым сайтам
N
F= S fk , (1.4)
k=1 Далее генерировались N
случайных последовательностей сайтов с теми частотами динуклеотидов, что и
в реальных последовательностях. Для каждой случайной последовательности
определялось значение f k. По формуле (1.4) определялось
суммарное значение этой величины для набора случайных последовательностей F
. Далее вычислялась величина z: _
z = (F- Fs)/z, (1.5)
_
где Fs - среднее по 50-ти Fs , z -
среднеквадратичное отклонение величины F .В том случае, если z > 3.08, это означает, что величина F значимо отличается от выборке случайных величин F (вероятность такого события по случайным причинам меньше 0.002) и, следовательно, структура f неслучайно часто присутствует в выборке сайтов рекомбинации (Konopka, 1988).
С помощью этого подхода показана неслучайная связь политрактов , участков потенциальной z-ДНК и консенсусов топоизомеразы I с точками негомологичной рекомбинации в эукариотических геномах ( Konopka, 1988 ).
