ТРАНСКРИПЦИОННЫЕ ФАКТОРЫ: КЛАСС: ТФ 4.6 HMG белки
Класс факторов, содержащих домен HMG ( high mobility group )
Белки этого класса обладают гомологией с хромосомными белками, принадлежащими к группе негистоновых белков с высокой электрофоретической подвижностью (HMG) . Участок гомологии содержит ДНК-связывающий домен, который в одних случаях, как и у HMG1 , обеспечивает белкам неспецифическое взаимодействие с ДНК, а в других (например, у фактора LEF-1 ) - сайт-специфическое.
Белки этого класса отличаются разнообразием функций. Некоторые из них (например, HMG1 ) не считаются транскрипционными факторами, поскольку являются лишь структурными компонентами и не обладают способностью узнавать специфические последовательности ДНК. Другие HMG-факторы , такие как SRY , обладают некоторой специфичностью при связывании с нуклеотидными последовательностями, но преимущественно распознают определенные структурные особенности ДНК [ Ferrari S. et al., 1992 ]. По- видимому, их роль состоит, главным образом, в создании конформации ДНК, наиболее подходящей для активации транскрипции. Такие факторы, как LEF-1 могут быть истинными активаторами транскрипции с известным транс-активационным доменом [ Carlsson P. et al., 1993 ]. Все они имеют типичный HMG-домен в форме буквы L.
L-образный HMG-домен состоит из трех альфа-спиралей и протяженного участка полипептидной цепи, следующего за N-концом первой спирали [ Werner M.H. et al., 1995 , Love J.J. et al., 1995 ]. Эта протяженная область, совместно с первой спиралью, содержащей излом, образует длинное плечо "L", тогда как первая и вторая спирали формируют короткое плечо. Связывание такого фактора по малой бороздке приводит к резкому изгибу ДНК более чем на 90 градусов в сторону, противоположную связавшемуся белку. Общая топология этого ДНК-белкового комплекса немного напоминает топологию комплекса, формируемого ТВР с ТАТА-боксом .
Отнесение транскрипционных факторов, содержащих HMG- домен, к рассматриваемому суперклассу обусловлено тем, что они, хотя и не имеют бета-скэффолда , удовлетворяют другому важному критерию, а именно взаимодействуют с ДНК по малой бороздке .
Белки этого класса (за исключением нескольких его представителей, которые пока невозможно отнести к какому-либо определенному семейству), сгруппированы в пять семейств согласно сходству их последовательностей: HMG-содержащие факторы типа Sox ( 4.6.1 . всего 15 факторов), TCF-1 (всего 12 факторов) ( 4.6.2 .), HMG2 ( SSRP1 , Ixr1 ; всего четыре фактора 4.6.3)
Одним из наиболее изученных членов первого семейства является белок SRY , предположительно имеющий отношение к определению пола организма. Семейство TCF включает несколько факторов, найденных главным образом в лимфоидных клетках . Семейство HMG2 (хотя сам по себе HMG2 и не считается транскрипционным фактором) включает белки, подобные SSRP1 (structure-specific recognition protein 1), которые, возможно, принимают также участие в процессах рекомбинации ДНК . Семейство UBF содержит факторы РНК полимеразы I ( UBF1 , UBF2 ). Семейство МАТА пока состоит из единственного представителя, белка mat-Mc дрожжей, прочие факторы, содержащие HMG- бокс (всего три фактора).
Следует отметить, что существуют и другие факторы, которые также относят к HMG белкам, например HMGI(Y) . Они играют важную роль в регуляции транскрипции, осуществляемой другими факторами, например NF-kB , усиливая их активирующее действие [ Thanos D. et al., 1992 ]. Однако эти белки не обладают HMG- доменом и не обнаруживают заметной гомологии с другими районами факторов, содержащих HMG-домен. Поэтому они не являются членами рассматриваемого класса.
Общее число факторов - 38.
