рРНК: Роль в элонгации трансляции
Предположение о важной роли последовательности анти-Шайна- Дальгарно не только в процессе инициации (см. рРНК: Роль в инициации трансляции ), но и в формировании комплементарных контактов с мРНК в процессе элонгации было выдвинуто Вейссом с соавторами ( Weiss et al., 1987 ).
Изучая механизм рибосомного сдвига рамки считывания в гене RF2 E.coli , они показали, что последовательность из 15 нуклеотидов в мРНК гена RF2 (5'-AGG-GGG-UAU-CUU-UGA-3') является необходимым и достаточным условием для высокого уровня (около 30% эффективности) рибосомного сдвига рамки считывания. Выше сайта рамки считывания (CUU-UGA) находится элемент (AGG-GGG), важный для поддержания высокой эффективности сдвига рамки считывания.
Вейсс с соавторами показали, что эффективность функционирования окна рамки считывания не изменяется при изменении его положения на мРНК. Эти результаты свидетельствуют о том, что 3' конец 16S рРНК сканирует матричную РНК во время элонгации для обнаружения этих внутренних последовательностей Шайна-Дальгарно и образования с ними комплементарных контактов.
Считается, что образование комплементарных контактов между 3' концом 16S рРНК и мРНК во время элонгации важно для поддержания правильной рамки считывания. Трифонов предположил, что такие контакты могут образовываться между несколькими полипиримидиновыми сегментами 16S рРНК и мРНК ( Trifonov, 1987 ). Он отметил существенное преобладание G в первых позициях кодонов мРНК и пониженное содержание G во вторых позициях, что проявляется непосредственно после инициирующего кодона и сохраняется вдоль всей последовательности мРНК вплоть до терминирующего триплета , после которого эта текстуальная особенность мРНК исчезает. В сайте сдвига рамки (например, RF2- сайте), периодичность мотива G прерывается и возобновляется далее в соответствии с новой рамкой трансляции. Это свидетельствует о том, что данный мотив (G - не G - N) в матричных РНК может участвовать в поддержании правильной рамки считывания в процессе трансляции. Трифонов идентифицировал три района в 16S рРНК, содержащих комплементарную периодическую структуру, являющиеся высококонсервативными и находящимися на поверхности 30S субъединицы : районы 520 и 1400 (517gcCagCagCcgc и 1395 caCacCgcC), а также анти-SD- последовательность (1531auCacCucC).
Данные Вейсса и соавторов, полученные для анти-SD- последовательности согласуются с моделью Трифонова, что дает основание полагать, что такое комплементарное взаимодействие действительно может вносить вклад в поддержание правильной рамки считывания.
