Эктотипическая рекомбинация
Вместе с тем, и рекомбинация, и конъюгация могут проиходить не только между гомологичными хромосомами . У дрожжей с достаточно высокой частотой может происходить эктопическая рекомбинация (рекомбинация между гомологичными последовательностями в негомологичных хромосомах). Этот тип рекомбинации сохраняется у мутантов по гену HOP1 (кодирующему компонент синоптонемного комплекса) ( Hollingswarth, Byers, 1989 ) и RED1 ( Rockmill, Roeder, 1988 ).
Объясняют это тем, что на ранних этапах поиска гомологий, до конъюгации, может происходить рекомбинация по типу конверсии, а на поздних этапах возможна реципрокная рекомбинация ( Roeder, 1990 ). Идеи о существовании двух механизмов рекомбинации - по типу конверсии без кроссинговера и с кроссинговером - высказывались неоднократно, но четких доказательств этого пока не получено.