Орфанные экспрессионные платформы
Несмотря на разнообразие узнаваемых лигандов и сигналов, регуляторная активность рибопереключателей в большинстве случаев основана на выборе из двух альтернативных конформаций РНК, одна из которых активирует транскрипцию или трансляцию нижележащих генов биосинтеза или транспорта соответствующих метаболитов, а другая - подавляет. В случае транскрипции выбор происходит между формированием фактор-независимого терминатора транскрипции или антитерминатора, в случае трансляции - одна из структур скрывает, а другая экспонирует необходимый для инициации трансляции сайт связывания рибосомы [ Serganov, 2013 ]. Множество обнаруженных на сегодняшний день рибопереключателей укладываются в эту схему регуляции экспрессии при помощи транскрипционной или трансляционной аттенюации . Однако была описана группа рибопереключателей, соединенных с нетипичной, "орфанной", экспрессионной платформой: такие переключатели не содержали обычной шпильки с полиуридиновым трактом, характерной для фактор-независимых терминаторов транскрипции и не включал в себя сайт связывания рибосомы [ Hollands, 2012 ]. Для двух орфанных переключателей была недавно экспериментально показана функция экспрессионной платформы. Нетранслируемые участки, связанные с магниевым сенсором перед геном mgtA Salmonella enterica и сенсором флавинмононуклеотида перед геном ribB E. coli при связывании сенсором лиганда стимулируют ро -зависимую терминацию транскрипции [ Hollands, 2012 ]. Вполне возможно, что другие похожие орфанные платформы также связаны с ро-зависимой терминацией. Известно, что активность таких терминаторов связана со специфической rut (Rho utilization sequence) последовательностью, однако эти последовательности плохо поддаются биоинформатическому поиску и требуют индивидуальной экспериментальной проверки [ Peters, 2011 ].
