Анализ одноцепочечного конформационного полиморфизма (SSCP)
SSCP-анализ (single-strand conformation polymorphism analysis или анализ одноцепочечного конформационного полиморфизма; Hayashi K., 1993) - быстрый метод для оценки последовательностей ДНК, получаемых в ходе ПЦР ( Hayashi ea 1993 ). Фрагменты изучаемого гена длиной несколько сотен нуклеотидов амплифицируют с помощью ПЦР , денатурируют и подвергают электрофорезу. Анализ электрофореграмм позволяет выявить мутации, поскольку они меняют электрофоретическую подвижность фрагментов. Известно, что конформационная структура одноцепочечного фрагмента ДНК определяется его последовательностью. При наличии мутаций последовательность меняется, что ведет к конформационным изменениям ДНК. Принцип метода состоит в том, что фрагменты ДНК с различной конформацией имеют различную подвижность в ПААГ, что проявляется в виде сдвига полосы амплифицированного фрагмента мутантной денатурированной ДНК по отношению к фрагменту ДНК дикого типа ( Hayashi ea 1993 ). Этот метод обеспечивает прямую диагностику новых мутаций. Он позволяет анализировать большое количество проб - соответствующих экзонам крупного гена или полученных от большого числа больных.
SSCP-анализ применяется для выявления таких мутаций, как замена оснований, малые инсерции и делеции, различные перестройки и наиболее пригоден для анализа относительно коротких (200-300 п.н.) фрагментов ДНК. Чувствительность метода достаточно высока и он позволяет детектировать до 90-95% всех мутаций ( Hayashi ea 1993 , Hayashi ea 1993 ).
