Тройные спирали антипараллельные
В антипараллельных тройных спиралях третья цепь, также как и в параллельных, располагается в большой бороздке двуспирального дуплекса, образованного первыми двумя цепями ( Beal P.A. and Dervan P.B., 1991 ). При этом нуклеозиды третьей цепи находятся в "анти" конформации (см. Полинуклеотидная цепь ). Триады Т*А-Т, А*А-Т ( Рис. Триада ТАА ), С+*G-C и G*G-C, содержащие, помимо Уотсон-Криковских , по две " обратных Хугстиновских " водородных связи, теоретически способны составить анти- параллельную тройную спираль ( Hoogsteen K., 1963 ). Как показано Пилхом и соавторами ( Pilch D.C. ea, 1991 ), свободная энергия таких связей приблизительно эквивалентна энергии Уотсон- Криковских связей и в сумме с ней составляет около 2.6 ккал на 1 моль триад. Практически данные о стабильности антипараллельных комплексов с триадой С+*G-C в литературе отсутствуют, поэтому далее мы будем рассматривать только комплексы, содержащие триады Т*А-Т, А*А-Т и G*G-C. На следующем рисунке приведен пример антипараллельной тройной спирали:
3'...AAGAGGGAGGAAAAGGAGAG...5'
********************
5'...AAGAGGGAGGAAAAGGAGAG...3'
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
3'...TTCTCCCTCCTTTTCCTCTC...5'
В отличие от параллельных тройных спиралей , антипараллельные спирали не чувствительны к изменениям рН в широком диапазоне, но зато весьма чувствительны к присутствию солей металлов. Так, KCl в концентрации 100 мМ ингибирует образование комплекса ( Cheng A.J. and Van-Dyke M.W., 1993 ), в то время как MgCl2 стабилизирует его ( Pilch D.C. ea, 1991 , Beal P.A. and Dervan P.B., 1991 ). Согласно данным Малкова и соавторов ( Malkov V.A. ea, 1993 ), ионы Cd2+, Co2+, Mn2+, Ni2+ и Zn2+ в концентрациях 5-10 мМ способствуют формированию коротких антипараллельных тройных комплексов, которые в других условиях наблюдать не удается.
В литературе существуют противоречивые данные, касающиеся возможности формирования антипараллельных тройных спиралей с участием РНК в качестве третьей цепи. С одной стороны, несколько групп авторов сообщили о неудавшихся попытках наблюдения такого рода тройных спиралей in vitro ( Beal P.A. and Dervan P.B., 1991 , Escude C. ea, 1993 , Semerad C.L. and Maher III L.J., 1994 ). С другой стороны, первоначальные эксперименты Lipsett M., 1964 и более поздние Letai A.G. ea, 1988 были выполнены именно на рибополимерах и продемонстрировали принципиальную возможность формирования тройных спиралей типа poly(rA)-poly(dA)-poly(dU) и poly(rG)-poly(dG)-poly(dC). Поскольку триада А*А-Т (и триада А*А-U, эквивалентная ей) не может участвовать в образовании параллельной тройной спирали ( Giovannangeli C. ea, 1992 ), то очевидно, что спирали первого типа, могут быть только антипараллельными.
