Варианты гистонов и эпигенетика: общее резюме
Гистоны упаковывают ДНК, собираясь в коровые частицы нуклеосом, тогда как ДНК оборачивается вокруг них. На протяжении эволюционного времени белки с доменом "гистонового сворачивания" (histone fold domain proteins) диверсифицировались от своих предков, представленных у архей , в четыре различные субъединицы, которые составляют знакомый октамер эукариотической нуклеосомы. Результатом дальнейшей диверсификации гистонов в разные варианты оказывается дифференцировка хроматина, могущая иметь эпигенетические следствия. Исследования эволюции, структуры и метаболизма вариантов гистонов обеспечивают основу для понимания участия хроматина в важных клеточных процессах и эпигенетической памяти.
Большинство гистонов синтезируются в фазе S для быстрой откладки позади репликационных вилок, чтобы заполнить пробелы, образовавшиеся в результате распределения пред существовавших гистонов. Кроме того, замещение канонических гистонов S-фазы вариантами, независимо от репликации, потенциально может дифференцировать хроматин.
Дифференцировка хроматина вариантами гистонов особенно заметна в центромерах , где вариант гистона НЗ , CENP-A , собирается в специализированные нуклеосомы, образующие фундамент для сборки кинетохора (см. левую часть рисунка в начале главы). Центромерный аналог CENP-A, CenH3 , обнаруживается у всех эукариот. У растений и животных правильная сборка содержащих СеnНЗ нуклеосом в центромерах не требует, оказывается, центромерных нуклеотидных последовательностей ДНК, что является замечательным примером эпигенетической наследственности. Некоторые CenH3s развились адаптивно в участках, контактирующих с ДНК, что позволяет предполагать, что центромеры конкурируют друг с другом и что CenH3s и другие специфичные для центромеры белки, связывающиеся с ДНК, адаптировались в ответ на это. Этот процесс мог бы объяснить большие размеры и сложность центромер у растений и животных.
Хроматин может быть дифференцированным и вне центромер путем включения конститутивно экспрессируемой формы гистона НЗ , называемой НЗ.З , которая является субстратом для независимой от репликации сборки нуклеосом. Замещение вариантом НЗ.З происходит в активных генах (см. правую часть рисунка в начале главы, где зеленым цветом изображен НЗ.З на хромосоме плодовой мушки); это динамический процесс с потенциальными эпигенетическими следствиями. Различия между НЗ и НЗ.З по их наборам ковалентных модификаций могут лежать в основе изменений в свойствах хроматина в активно транскрибируемых локусах.
Несколько вариантов H2A также могут дифференцировать или регулировать хроматин. H2A.Х определяется как вариант по 4-аминокислотному карбокситерминальному мотиву, в котором остаток серина является сайтом для фосфорилирования в сайтах двухнитевых разрывов ДНК. Фосфорилирование Н2AХ является ранним событием в репарации двухнитевых разрывов, где, как считают, он концентрирует компоненты репарационной машины. Фосфорилирование Н2AХ также маркирует неактивный бивалент XY во время сперматогенеза млекопитающих и требуется для конденсации, спаривания и фертильности.
H2AZ - это структурно отклоняющийся вариант, который долгое время был загадкой. Исследования на дрожжах позволили считать, что H2AZ устанавливает транскрипционную компетентность и противодействует сайленсингу гетерохроматина. Биохимический комплекс, замещающий Н2A вариантом H2AZ в нуклеосомах, является АТФ-зависимым ремоделером нуклеосом, представляя первый пример специфической функции у члена этого многообразного класса ассоциированных с хроматином машин.
Два варианта, специфичных для позвоночных, macroH2A и H2ABbd , проявляют контрастирующие особенности, будучи упакованы в нуклеосомы in vitro: macroH2A препятствует, a H2ABbd облегчает транскрипцию. Эти особенности согласуются с паттернами их локализации на эпигенетически инактивированной Х-хромосоме млекопитающих, где macroH2A много, а Н2ABbd мало.
На основании результатов этих исследований складывается представление, что варианты гистонов и процессы, откладывающие их в нуклеосомы, обеспечивают первичную дифференцировку хроматина, которая может служить основой для эпигенетических процессов.
