Alu-ПЦР
Диспергированные повторяющиеся Alu-последовательности характерны именно для генома человека. Праймеры, специфичные в отношении Alu-последовательностей, используют для амплификации участков ДНК генома человека, заключенных между Alu-повторами, которые располагаются в среднем на расстоянии 4-10 т.п.о. друг от друга. Другим вариантом Alu-ПЦР является направленный синтез с ее помощью ДНК-зондов к участкам хромосом, полученным после лазерной фрагментации, индивидуальным хромосомам, выделенным с помощью проточной цитофлуориметрии, или ДНК гибридных клеток, содержащих определенную часть генома человека.
Alu-ПЦР используют для получения уникальных фингерпринтов , характеризующих клеточные гибриды с точки зрения стабильности их генома, а также для характеристики фрагментов ДНК человека, клонированных в YAC-векторах , космидах или векторах на основе ДНК бактериофагов . Уникальность Alu- последовательностей для генома человека делает возможным их применение для " прогулок по хромосомам ", а также для расширения существующих контигов .
Поскольку в геноме человека более 90% умеренно повторяющихся последовательностей представлены семействами Alu и KpnI , неудивительно, что последние также применяются в ПЦР для тех же целей, что и Alu. Однако здесь профили продуктов ПЦР менее сложны, поскольку последовательности KpnI повторяются в геноме реже и обладают характерной локализацией в хромосомах.
ПЦР активно используется для выявления полиморфных молекулярных маркеров при построении генетических карт сцепления. Этот метод оказывается полезным и при секвенировании ДНК, а также при построении физических карт высокого разрешения для генома человека.
