Eco-Fpg белок
Eco-Fpg представляет собой мономер длиной 268а.к.о. с расчетной ММ 30158Да. Ген fpg кодирует полипептид длиной 269а.к.о., но N-концевой остаток формилметионина отщепляется при созревании белка, что дает активный фермент с N-концевым остатком Pro [ Boiteux, ea 1987 ]
В последовательности фермента обнаруживается консенсусный мотив цинкового пальца типа Cys4 : CX2CX16CX2C. Цинковые пальцы встречаются во многих ДНК-связывающих белках [ Laity, ea 2001 ], однако в подавляющем большинстве случаев их в молекуле белка больше одного, поэтому структурная основа взаимодействия единственного цинкового пальца Fpg с ДНК представляет большой интерес.
Фермент Fpg специфичен по отношению к поврежденным звеньям в двуцепочечной ДНК; одноцепочечная ДНК используется с эффективностью на несколько порядков меньше [ Ishchenko, ea 2002 ]. Помимо mFapy-Gua , фермент может с разной эффективностью удалять из высокомолекулярной ДНК 8-oxoGua , Fapy-Gua и Fapy-Ade [ Tchou, ea 1991 , Karakaya, ea 1997 ].
Из ОДН-субстратов Fpg выщепляет достаточно большое число других поврежденных оснований, принадлежащих как к пуринам, так и к пиримидинам: синтетические аналоги 8-oxoGua 8-оксогипоксантин (8-oxoHyp) и 8-оксопурин (8-oxoPu) [ Tchou, ea 1994 , Rabow, ea 1997 ], продукты дальнейшего окисления 8-oxoGua оксазолон и оксалуровую кислоту [ Tretyakova, ea 2000 ], окисленные производные eAde [ Speina, ea 2001 ], продукты раскрытия имидазольного кольца Gua после конъюгации с серным ипритом [ Li, ea 1997 ], аминофлуореном [ 259 ] или афлатоксином B1 [ Oleykowski, ea 1993 ], окисленные пиримидины Thy(OH)2 [ Purmal, ea 1998 , D'Ham, ea 1999 ], H2Thy [ D'Ham, ea 1999 ], Ura(OH)2 [ Purmal, ea 1998 ], 5-OH-Ura [ Hatahet, ea 1994 ], 5-OH-Cyt [ 202 , D'Ham, ea 1999 ], 5-гидрокси-5-метилгидантоин [ Gasparutto, ea 2000 ], fUra [ Zhang, ea 2000 ] и уреидоизомасляную кислоту [ Jurado, ea 1998 ]. Также Fpg выщепляет O-метилгидроксиламин и O-бензилгидроксиламин из соответствующих (алкилокси)иминопроизводных по положению 1'[ Purmal, ea 1996 ]. Биологическая значимость таких активностей неясна. Показано, что вышеперечисленные окисленные пиримидиновые основания не выщепляются ферментом из высокомолекулярной ДНК, поэтому их и, вероятно, остальные поврежденные азотистые основания за исключением 8-oxoGua, Fapy-Gua и Fapy-Ade можно рассматривать как неспецифические субстраты, т.е., такие субстраты, которые эффективно превращаются ферментом в модельных системах, но, по всей вероятности, не используются им in vivo. Исследования различий между превращением ферментом специфических и неспецифических субстратов могут дать важную информацию о механизме узнавания поврежденных оснований ДНК-гликозилазами.
см. FPG
