Районы кор-фермента, участвующие в связывании аптамеров
РНК-полимераза (РНКП) образует с минимальной матрицей прочный комплекс, по многим характеристикам соответствующий природному элонгационному комплексу ( Korzheva et al., 1998 ). Было установлено, что все полученные аптамеры подавляют взаимодействия РНКП с минимальной матрицей и, таким образом, взаимодействуют с естественными сайтами связывания нуклеиновых кислот. Аптамеры также подавляют активность кор- фермента РНКП в тесте по транскрипции in vitro и являются высокоспецифичными ингибиторами своих РНКП-мишеней.
Для более точной локализации сайтов связывания аптамеров изучено их взаимодействие с кор-РНКП, содержащими мутации в различных участках главного канала фермента ( Kuznedelov et al., 2002a ). Все перечисленные мутации располагаются в участках РНКП, непосредственно взаимодействующих с нуклеиновыми кислотами в транскрипционных комплексах. Показано, что каждая из мутаций нарушает связывание некоторых из аптамеров с РНКП, причем разные мутации влияют на связывание разных аптамеров. Полученные данные свидетельствуют, что аптамеры связываются с различными эпитопами в главном канале РНКП, в участках, взаимодействующих с ДНК и РНК в транскрипционных комплексах.
