Стабилизация промоторного комплекса: контакты кор-фермента с ДНК
Роль контактов кор-фермента РНК-полимеразы (РНКП) с ДНК спереди по ходу транскрипции в стабилизации промоторных комплексов.
Неспецифические контакты кор-фермента РНКП с различными участками промотора, вероятно, также играют важную роль в стабилизации промоторных комплексов. Экспериментальные данные о роли таких контактов достаточно фрагментарны. Так было показано, что делеция домена jaw ("челюсть") бета'-субъединицы и мутации в домене бета2 бета-субъединицы в кор- ферменте РНКП E. coli приводят к заметному снижению стабильности промоторных комплексов ( Ederth et al., 2002 ; Martin et al., 1992 ; Nechaev et al., 2000 ). Эти домены, по-видимому, контактируют с промоторной ДНК спереди по ходу транскрипции ( Рис. 2.1 ). Кроме того обнаружено, что РНКП B. subtilis, которая, в отличие от РНКП E. coli, образует нестабильные промоторные комплексы на большинстве промоторов, имеет более короткий футпринт спереди от стартовой точки транскрипции, чем РНКП E. coli ( Artsimovitch et al., 2000 ). Что позволяет предположить, что в стабилизацию промоторных комплексов основной вклад вносят контакты кор-фермента с ДНК спереди по ходу транскрипции.
Для поверки этой гипотезы были исследованы мутации в двух участках кор-фермента РНКП E. coli, которые, как было показано ( Artsimovitch et al., 2004 ; Vassylyev et al., 2007a ), контактируют с ДНК спереди от активного центра РНКП - Рис. 2.1 , Рис. 5.1 . Функции этих участков РНКП во взаимодействиях РНКП с промоторами ранее не исследовались. Проведенный анализ влияний мутаций на стабильность промоторных комплексов подтвердил важность роли контактов кор-фермента РНКП с ДНК спереди от активного центра в стабилизации промоторных комплексов ( Рис. 4.9 ).
