ARMS (amplification refractory mutation system)
Концептуально близким к методу ПЦР-опосредованного сайт- направленного мутагенеза является метод, получивший название "амплификация рефракторной мутационной системы" - amplification refractory mutation system - ARMS. В основе метода лежит неспособность Taqi термофильной полимеразы к амплификации фрагмента при наличии несоответствия (mismatch) между матричной ДНК и 3'-концом одного из олигопраймеров [ Newton C.R. et al., 1989 ; Bottema C.D.K. et al., 1990 ].
Суть метода заключается в одновременном проведении двух ПЦР, для каждой из которых одним из праймеров служит аллель- специфическая мутантная или нормальная олигонуклеотидная последовательность соответственно. При этом в качестве второго праймера для проведения двух реакций выбирают одну и ту же олигонуклеотидную последовательность, так что в обоих случаях могут амплифицироваться участки ДНК одинаковой протяженности. Мутантный сайт в аллель-специфических праймерах расположен не в центре, а ближе к 3'-концу, и чаще всего занимает предпоследнюю позицию. При определенных условиях, важнейшим из которых является концентрация ионов магния в растворе, наличие сайта негомологичного спаривания в 3'-области праймера препятствует началу синтеза ДНК. Таким образом, при наличии мутации в исследуемой матричной ДНК амплифицированные фрагменты образуются только в том случае, если в качестве аллель-специфического праймера выбирается мутантная последовательность, тогда как при использовании нормального олигонуклеотидного праймера ПЦР блокируется ( рис. 4.9 ).
Метод нашел широкое применение для детекции мутаций при фенилкетонурии , бета-талассемии , муковисцидозе , при типировании генов HLA-системы . Однако сложности в подборе праймеров и в выборе оптимального режима ПЦР ограничивают широкое применение этого метода. Вместе с тем его несомненным преимуществом является возможность применения полностью автоматического сканирования.
