PRD II
Последовательность PRD II связывает ядерный белок PRD II-BF содержащийся в экстрактах как неиндуцированных, так и индуцированных клеток MG 63.
Был получен кДНК-клон, кодирующий фактор связывания PRD II (PRD II-BF1). Анализ последовательности показал, что PRD-BF1 похож на клон кДНК (h3), связывающие свойства которого являются общими для транскрипционного фактора млекопитающих H2TF1 и NF-kB ). Из того факта, что все эти белки присоединяются к похожим между собой последовательностям, можно заключить, что PRD II функционально связан с H-2K и с k- энхансерным сайтом .
Мутации в PRD II , большинство которых находится в асимметричных сайтах связывания NF-kB , таких как k-сайт :
GGGGACTTTCC
GTAGGAAATTCC
GTGGAAAATTCC
GTGGGAAATCCC
GTGGGAAATTTC
GTGGGAAATTCT снижают индуцибельность IRE , но обычно оказывают небольшое воздействие на основную активность.
Возможно, что основное действие PRD II зависит от связывания H2TF1 , а индуцибельность от присоединения NF-kB . Разделенные функции для этих двух типов связывания могли бы возникнуть, если бы основной фактор H2TF1 очень тесно присоединялся бы к палиндромным сайтам, а оба фактора - H2TF1 и NF-kB - слабо связывались бы с асимметричными последовательностями. Во время индукции сильно повышенная активность NF-kB увеличивала бы транскрипцию из незанятых асимметричных сайтов, с которыми связан H2TF1. Эту модель подтверждает тот факт, что сайт H-2K имеет относительно высокую основную активность и слабо индуцируется вирусами или поли(I)- поли(С) последовательностью.
