DDM1 (ATФ-аза)
ATФ-аза DDM1 (decreased DNA methylation) обладает сильно выраженной специфичностью к транспозонам и повторам и должна как-то распознавать их как последовательности, отличные от генов.
Switch2/caxapoзy неферментирующие факторы 2 (SWI2/SNF2) из консервативного семейства АТФ-зависимых ремоделирующих хроматин факторов способны сдвигать нуклеосомы или уменьшать прочность контактов между гистонами и ДНК. При генетическом скрининге получены данные примерно о 40 SWI2/SNF2 гомологах, закодированных в геноме Arabidopsis (Plant Chromatin Database). Два из них - фактор 1 уменьшения метилирования ДНК (DDM1, Jeddeloh et al., 1999 ) и фактор 1 дефекта управлямого РНК метилирования ДНК ( DRD1 , Kanno et al., 2004 ) участвуют в регуляции метилирования ДНК.
Показано, что для глобальных паттернов метилирования ДНК почему-то необходимы комплексы, осуществляющие ремоделинг хроматина и относящиеся к семейству SWI/SNF , как это показано на растениях ( Jeddeloh et al., 1999 ) для белка DDM1 и на млекопитающих с помощью гомолога Lsh1 ( Yan et al. 2003 ).
Данные о том, что для обеспечения соответствующего метилирования необходимы также вспомогательные факторы хроматина, первоначально были получены на растениях, где было показано, что для полного метилирования генома A. thaliana существенное значение имеет SNF2-пoдoбный белок DDM1 ( Jeddeloh et al., 1999 ). Аналогичная зависимость наблюдается и у животных, поскольку мутации в генах ATRX человека ( Gibbons et al., 2000 ) и Lsh2 мыши ( Dennis et al., 2001 ), которые оба кодируют белки, родственные белку ремоделинга хроматина, SNF2 , существенно влияют на паттерны глобального метилирования ДНК. В частности, утрата белка LSH2 соответствует фенотипу мутации DDM1 у Arabidopsis , поскольку оба мутанта утрачивают метилирование высокоповторяющихся последовательностей ДНК, но сохраняют некоторое метилирование в других местах генома. Возможно, эффективное глобальное метилирование генома требует изменений структуры хроматина этими ремоделирующими хроматин белками, чтобы DNMTs могли получить доступ к ДНК. "Сотрудничество" между DNMTs и факторами хроматина, позволяющее им получить доступ к специализированным участкам хромосом, может иметь особенно важное значение в районах, являющихся "гетерохроматиновыми" и недоступными.
Далее см. " Ремоделирующие хроматин белки ".
