Гетерохроматинизация эухроматиновых районов у Drosophila
Хромосомные белки образуют взаимозависимые комплексы для поддержания и распространения гетерохроматиновой структуры.
PEV отражает изменение в экспрессии гена вследствие генетической перестройки, а именно утрату экспрессии репортерного гена в некоторых клетках, в которых он в норме активен. Для объяснения PEV предложено несколько разных моделей; не все из них являются взаимоисключающими. Одна из возможностей, рассмотренная исходно, - это случайная потеря гена, возможно вследствие поздней репликации ( Karpen and Spradling, 1990 ). Анализ с помощью количественного Саузерн- блоттинга показал, что это объяснение в общем виде неприменимо; гены, обнаруживающие мозаицизм , обычно полностью реплицируются в диплоидной ткани ( Wallrath et al., 1996 ). Другие модели делают акцент на ассоциации гена, обнаруживающего мозаицизм, с гетерохроматиновым компонентом ядра и (или) на распространении гетерохроматиновой структуры с гетерохроматина, оказавшегося по соседству. Эта модель распространения, базирующаяся на многочисленных генетических и цитологических данных, объясняет сайленсинг как следствие распространения гетерохроматиновой упаковки через точку разрыва в эухроматиновые в норме районы. В нормальных хромосомах эухроматиновые и гетерохроматиновые районы, по-видимому, изолированы [insulated] друг от друга специфическими последовательностями или буферными зонами. Поскольку эти "изолирующие последовательности" ["insulating sequences"] (которые никогда не были полностью определены у Drosophila) отсутствуют в местах соединения эухроматина и гетерохроматина при PEV-перестройках ( рис. 5.1 ), гетерохроматинизация эухроматиновых последовательностей индуцируется с переменным успехом. Эту гетерохроматинизацию можно видеть на цитологическом уровне в политенных хромосомах как сдвиг от бэндированной к аморфной структуре в основании хромосомных плечей ( Hartmann-Goldstein, 1967 ); степень этого изменения можно модифицировать мутациями Su(var) и E(var) ( Reuter et al., 1982 ).
Инактивацию эухроматиновых генов на расстоянии вдоль по длине хромосомы можно продемонстрировать генетически ( Demerec and Slizynska, 1937 ). Затронутые районы становятся связанными с НР1 ( Belyaeva et al., 1993 ) и обнаруживают H3K9me2 , типичную метку гетерохроматина Drosophila ( Ebert et al., 2004 ). Поскольку модель распространения постулирует конкуренцию между упаковкой в эухроматин и упаковкой в гетерохроматин, гены-модификаторы PEV могли бы кодировать функции контроля либо формирования гетерохроматина, либо формирования эухроматина. Обнаружение зависимых от дозы модификаторов, как обсуждается выше, свидетельствует в пользу такой модели ( Locke et al., 1988 ; Henikoff, 1996 ). И действительно, были идентифицированы мутации Su(var) , контролирующие баланс между эухроматином и гетерохроматином ( Ebert et al., 2004 ).
PEV-перестройки позволили визуализировать и изучить случаи, где гетерохроматиновая упаковка распространяется на фланкирующий эухроматиновый домен. Этот эффект распространения несомненно зависит от ряда молекулярных реакций в эухроматиновых районах. Известны несколько модификаций гистонов, которые являются взаимоисключающими и которые определяют эти альтернативные хромосомные состояния. Ацетилирование НЗК9 , метилирование НЗК4 и фосфорилирование H3S10 - типичные метки активного эухроматина, тогда как метилирование НЗК9 , НЗК27 и Н4К20 является специфической меткой "молчащих" районов. Следовательно, гетерохроматинизация эухроматиновых районов требует специфических реакций деацетилирования, деметилирования и дефосфорилирования в эухроматине, как это изображено на рис. 5.6 . Этот переход исходно зависит от деацетилирования НЗК9 ферментом HDAC1 . Мутации в гене rpd3 , кодирующем специфическую для НЗК9 деацетилазу гистонов HDAC1, являются сильными супрессорами PEV ( Mottus et al., 2000 ), выступая антагонистами эффекта SU(VAR)3-9 в сайленсинге генов ( Czermin et al., 2001 ). Как было показано, HDAC1 in vivo ассоциирован с комплексом SU(VAR)3-9/HP1; эти два энзима работают кооперативно, метилируя предацетилированные гистоны.
Показано, что распространение гетерохроматина в эухроматин полностью блокируется у мутантов Su(var)3-1 ( Ebert et al., 2004 ). Мутации Su(var)3-1 являются мутациями сдвига рамки считывания в гене, кодирующем киназу JILl ; они приводят к экспрессии усеченного белка JILl, не имеющего карбокситерминального района. Белок JILl содержит два киназных домена и катализирует фосфорилирование H3S10 в эухроматине. Мутации JILl(Su<var>3-1) не влияют на фосфорилирование H3S10, но, вероятно, нарушают дефосфорилирование H3S10, эффективно подавляя метилирование НЗК9 . Это заставляет предположить участие фосфатазы. Неизвестно, участвует ли энзим РР1 (который был идентифицирован с помощью мутаций Su(var)3-5 ) ( Baksa et al., 1993 ) непосредственно в этой реакции. Деметилирование НЗК4 является, по-видимому, еще одной предпосылкой для гетерохроматинизации эухроматиновых районов. Проведенные работы показали, что аминооксидаза LSD1 функционирует у млекопитающих как деметилаза НЗК4 ( Shi et al., 2004 ). Предполагаемый гомолог LSD1 у Drosophila, SU(VAR)3-3 , облегчает распространение гетерохроматина в эухроматиновые районы во всех испытанных PEV-перестройках. В соответствии с этим в нуль-клетках по Su(var)3-3, у которых нет LSD1, приобретение метилирования НЗК9 в эухроматине, фланкирующем точку разрыва, отменяется, хотя конститутивно гетерохроматиновые районы не затрагиваются. Эти открытия показывают, что для удаления специфических для эухроматина меток модификаций гистонов необходима координированная функция нескольких энзимов, прежде чем может иметь место переход к гетерохроматиновой упаковке ( рис. 5.6 ). Вполне вероятно, будет обнаружено, что эти необходимые энзимы образуют комплексы с SU(VAR)3-9/HPl, как это было уже показано для HDAC1.
