Табл.9.2(epig). Компоненты эпигенетической регуляции у модельного растения Arabidopsis thaliana, выявленные при прямом и обратном скрининге

Ген или мутант

Название гена или мутанта

Тип белка, установленная или предполагаемая функция

Скрининг мутантов

Метилирование ДНК

МЕ1

DDM2

Метилтрансфераза

 

 Уменьшенное метилирование ДНК

ДНК-метилтарнсфераза(CG)

Реактивация эндогенных повторов Реактивация трансгенов Интерференция с RdDM Гипометилирование центромерных повторов

СМТЗ

Хромометилтрансфераза

ДНК-метилтрансфераза (неCG)

Реактивация SUP-clk

Реактивация PAI

DRM1

Метилтрансфераза с реаранжированным доменом

De novo ДНК- метилтрансфераза

Поиск инсерционных мутантов

DRM2

Метилтрансфераза с реаранжированным доменом

De novo ДНК- метилтрансфераза

Поиск инсерционных мутантов

HOG1

ROS1

 

DME

Гомологично зависимый сайленсинг генов

Репрессор сайленсинга 

 

Деметер

S-аденозил-Е-гомоцистеин гидролаза

Белок с доменом ДНК-гликозилазы

Белок с доменом ДНК-гликозилазы

Реактивация повторенного трансгена Инактивация трансгена 

 

Нет семян

Модификации гистонов

HDA1

Гистоновая деацетилаза

Гистоновая деацетилаза

Поиск инсерционных мутантов Экспрессия антисенса

HDA6

Гистоновая деацетилаза

Гистоновая деацетилаза

Реактивация повторенного трансгена

SIL1

Модификатор сайленсинга

 

 

АХЕ1

Репрессия гена ауксина

 

Интерференция с RdDM

RTS1

РНК-опосредованный транскрипционный сайленсинг

 

 

SUVH2

Su(var)3-9 гомолог

Гистоновая метилтрансфераза

Поиск инсерционных мутантов Экспрессия антисенса

SUVH4

Su(var)3-9 гомолог

Гистоновая метилтрансфераза

Реактивация PAI

Реактивация SUP-clk

Образование и ремоделирование хроматина

DDM1

Уменьшенное метилирование ДНК

SWI1/SNF2 АТФаза

Гипометилирование центромерных повторов

SOM

Somnipherous

 

Реактивация повторяющегося транс­гена

DRD1

Дефекты управляемого РНК метилирования ДНК

SWI1/SNF2 АТФаза

Интерференция с RdDM

SPD

Splayed

SWI1/SNF2 АТФаза

Сохранение измененной меристемы

PIE

Независимое от фотоперида раннее цветение

АТФ-зависимый ремодели- рующий хроматин белок

Измененное время зацветания

PKL

Pickle

CHD3 хроматин- ремоделирующий фактор

Ненормальное развитие корня

FAS1

Сросшийся

Субъединица фактора сборки хроматина

Измененная морфология

FAS2

Сросшийся

Субъединица фактора сборки хроматина

Измененная морфология

 

Таблица 9.2.  (продолжение)

Ген или мутант

Название гена или мутанта

Ttan белка, установленная или предполагаемая функция

Скрининг мутантов

BRU1

Brushy

Неохарактеризованный белок

Чувствительность ДНК к повреждениям

LHP1

Белок, подобный гетерохроматиновым

Образование репрессированного хроматина

Раннее зацветание и измененная морфология

М0М1

Молекула Морфея

Неполная SWI1/SNF2 АТФаза

Реактивация повторенного трансгена

RPA2

Репликативный белок А

Субъединица белкового репликативного комплекса, связывающая однотяжевую ДНК

Супрессор скрининг в ras1

Реактивация повторенного трансгена

PHKi-опосредованный сайленсинг

DCL1

Dicer-подобный

РНКаза III (ds-РНКаза)

Поиск инсерционных мутантов

CAF1

Carpel  factory

 

Ненормальное развитие цветка

SIN1

Короткие интегументы

 

Ненормальное развитие семяпочки

ЕМВ76

Дефектный зародыш

 

Арест развития зародыша

DCL2

Dicer-подобный

РНКаза III (ds-РНКаза)

Поиск инсерционных мутантов

DCL3

Dicer-подобный

РНКаза III (ds-РНКаза)

Поиск инсерционных мутантов

AG01

Аргонавт

PAZ-PIWI-доменный белок

Измененная морфология Реактивация трансгена

AG04

Аргонавт

PAZ-PIWI-доменный белок

Реактивация SUP-slk

AG07

Аргонавт

PAZ-PIWI-доменный белок

Время и тип развития трихом

ZIP

Zippy

 

 

AGO10

PNH/

ZLl

Аргонавт

PAZ-PIWI-доменный белок

Дефекты меристемы

RDR1

РНК-зависимая РНК-полимераза

РНК-зависимая РНК- полимераза

Поиск инсерционных мутантов

RDR2

РНК-зависимая РНК-полимераза

РНК-зависимая РНК- полимераза

Поиск инсерционных мутантов

RDR6

РНК-зависимая РНК-полимераза

РНК-зависимая РНК- полимераза

Реактивация трансгена

SDE1

Дефектный сайленсинг

 

Образование измененных трихом

SGS2

Супрессор сайленсинга генов

 

 

NRPDla

РНК-полимераза

IV субъединица РНК- полимеразы

Реактивация трансгена

SDE4

Дефектный сайленсинг

 

 

NRPDlb

РНК-полимераза

IVсубъединица РНК- полимеразы

Интерференция с RdDM

 

Таблица 9.2.  (окончание)

Ген или мутант

Название гена или мутанта

Тип белка, установленная или предполагаемая функция

Скрининг мутантов

DRD3

Дефективное РНК-направляемое метилирование ДНК

 

 

NRPD2a

РНК-полимераза

IV субъединица РНК- полимеразы

Поиск инсерционных мутантов

DRD2

Дефект в управляемом РНК метилировании ДНК

 

Интерференция с RdDM

SDE3

Дефект сайленсинга

РНК-хеликаза

Реактивация трансгена

SGS3

Супрессор гена сайленсинга

Сворачивающийся белок

Реактивация трансгена Измененное развитие трихом

HEN1

HUA энхансер

Связывание двутяжевых РНК, метилтрансфераза

Реактивация трансгена Измененная морфология

HYL1

Листья с загнутыми вверх краями

Белок, связывающий ядерную двутяжевую РНК

Измененная морфология Поиск инсерционных мутантов

WEX

Синдром Вернера-подобная экзонуклеаза

РНКаза D экзонуклеаза

Поиск инсерционных мутантов

XRN4

XRN гомолог

Экзонуклеаза

Поиск инсерционных мутантов

HST

Hasty

Рецептор экспорта микроРНК

Время и тип образования трихом

Белки группы Polycomb

МЕА

Medea

Белок группы Polycomb

Дефект образования семян

FIS1

Образование семян без оплодотворения

 

Формирование семян без оплодотворения

CLF

Курчавость листьев

Белок группы Polycomb

Измененная морфология листа

FIE

Независимое от оплодотворения образование эндосперма

Белок группы Polycomb

Образование семян без оплодотворения

FIS3

Образование семян без оплодотворения

 

 

MSI1

Мультикопийный супрессор IRA гомолога

Белок группы Polycomb, субъединица фактора сборки хроматина

Поиск инсерционных мутантов 

Дефекты формы эндосперма

SWN

Swinger

Белок группы Polycomb

Поиск инсерционных мутантов

EMF2

Зародышевый цветок

Белок группы Polycomb

Отсутствие вегетативной стадии

VRN2

Яровизация

Белок группы Polycomb

Позднее цветение несмотря на яро­визацию


 

 

Ссылки: