белковый домен Rel (RHD)
Структура ДСД типа Rel была определена для гомодимеров NF-kB1 р50 . ДСД имеют два субдомена, каждый из которых представляет собой бета-баррель с пятью петлями, формирующими обширную поверхность контакта с большой бороздкой ДНК [ Ghosh G. et al., 1995 , Muller C.W. et al., 1995 ]. Особенно существенный вклад в контакты ДСД с узнаваемой последовательностью ДНК вносит первая петля N-концевого субдомена, характеризующаяся высокой консервативностью. Другие петли, входящие в субдомен, также взаимодействуют с ДНК. Тот факт, что основные контакты с ДНК осуществляются посредством петель, для которых, как правило, свойственна конформационная подвижность, позволяет предположить, что домен Rel может связываться с достаточно различающимися последовательностями ДНК.
В то же время две N-концевые альфа-спирали тесно взаимодействуют по малой бороздке ДНК с центральным А/Т-богатым районом kB-элемента, обеспечивая дополнительное взаимодействие домена Rel с ДНК. Таким образом, Rel доменам гомодимера NF-kB1 р50 свойственны оба характерных признака белков этого класса: наличие бета-скэффолда и взаимодействие отдельных частей этого домена с ДНК по малой бороздке. В субъединице р65 эти две альфа- спирали расположены на более близком расстоянии, а вторая спираль укорочена. Видимо, в силу именно этой особенности ДСД белка р65, гетеродимер p50/p65 способен осуществлять не столь интенсивные контакты по малой бороздке ДНК.
