ТРАНСКРИПЦИОННЫЕ ФАКТОРЫ: КЛАСС: ТФ 4.2 p53
Класс факторов р53
ДНК-связывающий домен белка p53 некоторым образом сходен с ДСД типа RHR ( Rel Homology Region ) благодаря тому обстоятельству, что оба взаимодействуют с большой бороздкой ДНК через N-концевую петлю "бета-сэндвича".ДНК-связывающий домен организован в виде бета-сэндвича, который является остовом для двух больших петель и мотива типа "петля-слой-спираль". N-Концевые участки трех петель (остатки 112-124) образуют контакты с большой бороздкой ДНК в каноническом сайте связывания, тогда как C-концевая петля (остатки 236-251) связывают малую бороздку в AT-богатом центре сайта связывания. Остаток Arg-248 C-концевой части ДНК-связывающего домена, который чаще всего изменяется под действием мутаций, образует дополнительные контакты с малой бороздкой. Ион Zn2+ связывается остатками Cys-176 и His-179, находящимися в составе мотива "петля-спираль", а также остатками Cys-238 и Cys-242 (в составе С-концевой петли). Кроме того, р53 осуществляет дополнительные контакты по большой бороздке ДНК через альфа-спираль, которая является частью С-концевого мотива типа петля-слой-спираль [ Cho Y. et al., 1994 ]. Петля, входящая в этот мотив, также связывается с ДНК, однако в последнем случае взаимодействие осуществляется по малой бороздке . В то время как факторы, содержащие Rel-домен , взаимодействуют с сайтами ДНК, имеющими олиго-G на 5'-конце, олиго-С на 3'-конце и А/Т-богатый центр, сайт связывания фактора р53 может быть описан консенсусом RRRCWWG. В ДНК-белковом комплексе р53 с последовательностью GGGCAAG, как и в комплексе NF-kB р50 с ДНК, контакты между ДНК и белком по малой бороздке осуществляются с участием динуклеотида АА.
Отнесение белка р53 к рассматриваемому суперклассу обусловлено наличием двух характерных свойств: присутствием бета-скэффолда и контактами отдельных частей этого белка с ДНК по малой бороздке.
Следует отметить, что один из аминокислотных остатков в пределах петли, контактирующей по малой бороздке ДНК, а именно Arg-248, является наиболее часто мутирующим остатком в белке- супрессоре опухолей р53.
В классе одно семейство p53 ( p53 и p53as ).
