белковый домен # LSH-мотив # ДНК связывающий домен p53 белка
Фрагмент 94-312 а.о., содержащий ДНК-связывающий домен белка, был экспрессирован в E.coli и использован для кокристаллизации с фрагментом двуцепочечной ДНК, содержащим консенсус связывания р53, в результате чего был получен комплекс, кристалличесая структура которого была определена с разрешением 2,2 ангстрем ( Cho et al., 1994 ). Комплекс содержал на один фрагмент ДНК 3 единицы белкового мономерного фрагмента, 2 из которых непосредственно взаимодействовали с ДНК.
Вторичная структура ДНК-связывающего домена содержит 9 гидрофобных бета-цепей (S1, S3-S10), соединенных короткими петлями от 5 до 11 а.о., 2 коротких гидрофильных бета-цепи (S2 и S2'), 2 альфа-спиральных участка (H1 и H2), а также 3 больших гидрофильных петли (L1-L3) из 12, 15 и 32 а.о.
Основой третичной структуры ДНК-связывающего домена является гидрофобный кор, сформированный бета-цепями S1, S3-S10, которые последовательно уложены по типу орнамента "греческий ключ" в два антипараллельных бета-слоя ( Cho et al., 1994 ). Эти 2 бета-слоя сложены друг с другом в гидрофобный бета-сэндвич, который служит опорой для LSH-мотива (loop-sheet-helix motif). Две больших петли (L1 и L3) и LSH-мотив, состоящий из S2-S2'- бета-шпильки, С-концевой части бета-цепи S10 и альфа-спирали H2 формируют гидрофильную поверхность белковой глобулы, взаимодействующей с бета-спиралью ДНК. Пространственная структура домена стабилизируется ионом Zn с тетраэдрической координацией, лигандами для которого являются Cys238, Cys242 (петля L3), Cys176 (петля L2) и His179 (альфа-спираль H1 в составе петли L2).
Структурные элементы белковой глобулы ДНК-связывающего домена совпадают с консервативными областями II-V, в частности, петля L1 и примыкающая к ней S2-S2'-бета-шпилька (112-141 а.о.) почти точно соответствуют консервативной области II*. С-конец бета-цепи S10 и альфа-спираль H2 (271-286 а.о.) соответствуют консервативной области V* петли L2 (163-195 а.о.) и L3 (236-251 а.о.), вовлеченные во взаимодействие с Zn, соответственно содержат консервативные области III и IV ( Cho et al., 1994 ).
