Транскрипционные факторы с ДСД из бета-слоя, связь с малой борозд ДНК
Суперкласс факторов, содержащих бета-скэффолд и (или) контактирующих с ДНК по малой бороздке
В него входит шесть классов ТФ, для которых хотя и трудно выделить одно общее свойство, однако, можно указать на ряд характерных признаков ( табл. 3 ). В действительности не все факторы из этого класса содержат бета-скэффолд и не все факторы в любых ситуациях осуществляют стабильные контакты с ДНК по малой борозде. Однако это наиболее типичные характеристики факторов, входящих в этот суперкласс. При попарном сравнении последовательностей любых классов внутри этого суперкласса выявляется значительное сходство. Выявляемые при этом сходные признаки не характерны для членов других суперклассов. Эти обстоятельства и послужили основанием для выделения суперкласса 4 в том составе, в котором он и представлен в данной работе.
Большинство ДНК-связывающих доменов этого суперкласса содержат достаточно выраженный скэффолд из нитей (бета-баррели, бета-сэндвичи, бета-слои), на котором располагаются элементы вторичной структуры, непосредственно контактирующие с ДНК, такие как альфа-спирали, петли и сами бета-нити. Факторы этого типа образуют с ДНК обширные контакты. Одни из них могут охватывать по крайней мере половину витка ДНК, как это показано для факторов Rel-класса [ Ghosh G. et al., 1995 , Muller C.W. et al., 1995 ], мультимеров р53 [ Cho Y. et al., 1994 ], TBP [ Nikolov D.B. et al., 1992 , Kim Y. et al., 1993 , Kim J.L. et al., 1993 ] и HMG- доменов [ Werner M.H. et al., 1995 , Love J.J. et al., 1995 ], принадлежащих классам ( 4.1 ), ( 4.2 ), ( 4.5 ) соответственно. В других случаях ДНК закручена вокруг белкового ядра, как это показано для MADS-бокс-содержащих факторов [ Pellegrini L. et al., 1995 ] и вирусного регулятора Е2 [ Hegde R.S. et al., 1992 ], относящихся к классам ( 4.3 ) и ( 4.4 ) соответственно.
Общим свойством многих транскрипционных факторов суперкласса 4 является то, что они связываются с А/Т-богатыми участками, окруженными по краям C/G-богатыми последовательностями, и при этом взаимодействия с центральной частью сайта осуществляются путем контактов по малой бороздке ДНК. Необходимо подчеркнуть, что в случае Rel-белка NF-kB p50 возможность контактов по малой борозде в центральной части сайта определяется тонкой структурой сайта связывания [ Ghosh G. et al., 1995 , Muller C.W. et al., 1995 ]. Подобные взаимодействия по малой бороздке сильно искажают конформацию ДНК (возможным исключением являются белки класса Rel).
