ТРАНСКРИПЦИОННЫЕ ФАКТОРЫ: СЕМЕЙСТВО: ТФ 4.1.1 домен анкириновые
ТФ, имеющие только Rel-домены , а также ТФ, имеющие как Rel, так и анкириновые домены , сгруппированы в одно семейство (4.1.1). Для объединенных таким образом факторов характерно присутствие одного и того же типа ДСД . Поэтому р105 и р50 отнесены в одно семейство, а IkB-гамма принадлежит отдельному семейству факторов, имеющих только анкириновые повторы ( 4.1.2 ). Пока что это единственный случай в предлагаемой классификации, когда два фактора, кодируемые одним и тем же геном, попадают в разные семейства.
Структура ДСД типа Rel была определена для гомодимеров NF-kB1 р50 . ДСД имеют два субдомена, каждый из которых представляет собой бета-баррель с пятью петлями, формирующими обширную поверхность контакта с большой бороздкой ДНК [ Ghosh G. et al., 1995 , Muller C.W. et al., 1995 ]. Особенно существенный вклад в контакты ДСД с узнаваемой последовательностью ДНК вносит первая петля N-концевого субдомена, характеризующаяся высокой консервативностью. Другие петли, входящие в субдомен, также взаимодействуют с ДНК. Тот факт, что основные контакты с ДНК осуществляются посредством петель, для которых, как правило, свойственна конформационная подвижность, позволяет предположить, что домен Rel может связываться с достаточно различающимися последовательностями ДНК.
В то же время две N-концевые альфа-спирали тесно взаимодействуют по малой бороздке ДНК с центральным А/Т-богатым районом kB-элемента, обеспечивая дополнительное взаимодействие домена Rel с ДНК. Таким образом, Rel доменам гомодимера NF-kB1 р50 свойственны оба характерных признака белков этого класса: наличие бета-скэффолда и взаимодействие отдельных частей этого домена с ДНК по малой бороздке. В субъединице р65 эти две альфа- спирали расположены на более близком расстоянии, а вторая спираль укорочена. Видимо, в силу именно этой особенности ДСД белка р65, гетеродимер p50/p65 способен осуществлять не столь интенсивные контакты по малой бороздке ДНК.
Замечено, что сайты связывания факторов классов Rel и bZIP часто взаимодействуют с ДНК в составе композиционных элементов, т.е. коротких регуляторных областей, содержащих сайты связывания близко расположенных транскрипционных факторов. Эти факторы взаимодействуют друг с другом синергичным или антагонистичным образом, придавая качественно новые характеристики регуляции контролируемого гена [ Kel O.V. et al., 1995 ]. Особенно тесная кооперация обнаружена между AP-1 и группой факторов класса Rel. При этом образуется комплекс, первоначально описанный как один фактор, NF-AT [ Jain J. et al., 1993 ]. Впервые такие комплексы обнаружены в активированных Т- клетках благодаря их связыванию с определенными энхансерными элементами , например, в гене интерлейкина 2 [ Brunvand M.W. et al., 1988 , Shaw J.-P. et al., 1988 ]. Показано, что по крайней мере в некоторых случаях в состав NF-AT входит гетеродимер Fra- 1/JunB [ Boise L. et al., 1993 ], в то время как некоторые из клонированных пептидов, содержащих Rel-подобный домен, по- видимому, являются дополнительными компонентами этого комплекса.
