Масс-спектрометрический анализ (МАЛДИ и тандемная МС)
Масс-спектры были получены на масс-спектрометре Ultraflex II MALDI-ToF-ToF (Bruker Daltonik), снабженном неодимовым лазером с длиной волны 355 нм. Ионы MH+ измеряли в рефлекторном режиме; точность измерения пиков моноизотопных масс составляла 0.01%. Аликвоты образца (1 мкл) смешивали с 0.5 мкл матричного раствора (20 мг/мл 2,5-дигидроксибензойной кислоты в 30% MeCN/0.5% ТФУ) на стальной мишени и высушивали при комнатной температуре. Спектр фрагментных ионов снимали в Lift режиме; точность измерения масс составляла 1 Да. Соответствие полученных масс массам исследуемых пептидов и их фрагментов производилось вручную с использованием программы GPMAW4 (Lighthouse data). Для прямого МАЛДИ анализа компонентов клеток, осаждали 1 мл культуры клеток E. coli-продуцентов микроцина в среде М63 (см. выше); 1 мкл осадка клеток ресуспендировали в 10 мкл 70% MeCN/0.5% ТФУ и смешивали с 10 мкл раствора матрицы (20 мг/мл 2,5-дигидроксибензойной кислоты в 30% MeCN/0.5% ТФУ). 1 мкл смеси наносили на стальную мишень и высушивали при комнатной температуре. МH+ целых белков снимали в линейном режиме, точность измерения масс составляла 2 Да.
