ДНК-гликозилазы классификация и структура
Традиционно основой для классификации ДНК-гликозилаз служила их субстратная специфичность. Однако уже из табл. 1 , а также из обсуждающихся в соответствующих разделах данных по субстратной специфичности отдельных ДНК-гликозилаз видно, что одно и то же поврежденное основание может удаляться из ДНК разными ферментами, а один и тот же фермент может выщеплять разные основания. Поэтому практическое удобство такой классификации вызывает сомнения. Вслед за определением первичных и третичных структур многих из этих ферментов в последние годы стало возможным сгруппировать их в соответствии с особенностями строения [ Denver, ea 2003 , Huffman, ea 2005 ]; в настоящей работе используется именно эта классификация. В ней выделяют как минимум два суперсемейства в соответствии с присутствием в их структуре определенных ДНК-связывающих мотивов - Ung (урацил-ДНК-гликозилазы) суперсемейство и Nth (эндонуклеазы III суперсемейство ; в настоящей работе обосновывается выделение еще одного суперсемейства - ферментов, родственных Fpg (формамидопиримидин-ДНК-гликозилазе) и эндонуклеазе VIII (Nei) . Помимо характерного ДНК-связывающего мотива , гомология в последовательности белков внутри суперсемейства может быть очень ограниченной, а иногда может отсутствовать и внутри мотива, который в таком случае выявляется только при исследовании пространственной структуры. Суперсемейства, в свою очередь, содержат по меньшей мере одно центральное семейство, включающее белки - прототипические члены с гомологичными последовательностями. Например, суперсемейство Nth включает центральные семейства собственно Nth, MutY, Pdg2 и гликозилазы, выщепляющей Thy в составе гетеродуплексов (MIG). Кроме этого прототипического семейства, в состав суперсемейства могут входить белки, в которых гомология с членами центральных семейств ограничена характерным ДНК-связывающим мотивом. В случае суперсемейства Nth это семейства 8-оксогуанин-ДНК-гликозилазы эукариот (OGG1), 3- метиладенин-ДНК-гликозилаз I (Tag), II (AlkA) и III (MagIII), архейной 8-оксогуанин-ДНК-гликозилазы (AGOG) и метил-CpG-специфической эндонуклеазы (MBD4). Более подробно известные структуры ДНК-гликозилаз описаны в разд. ДНК-гликозилазы: пространственная структура
