siRNA вторичные
Продукты реакции удлинения siRNA (см." РНК-интерференция: условия функционирования siRNA ") сами также являются двухцепочечными РНК, как следует из их устойчивости к обработке РНКазой I . В соответствии с этим они должны подвергаться дальнейшему процессингу с образованием "вторичных" молекул siRNA.
Действительно, вскоре после образования в экстракте, продукты удлинения siRNA исчезают, в то время как количество siRNA продолжает увеличиваться.
Образование вторичных siRNA, соответствующих участкам мРНК, не представленным в исходной двухцепочечной РНК, было также показано in vivo при РНК-интерференции у C. elegans. При этом было отмечено, что вторичные siRNA соответствуют исключительно 5'-области относительно исходного сегмента двухцепочечной РНК, что полностью соответствует модели праймирования мРНК первичными siRNA.
Количество вторичных siRNA быстро падает с увеличением расстояния от исходного сегмента двухцепочечной РНК, что может свидетельствовать о значительно меньшей процессивности RdRP при РНК-интерференции in vivo у C. elegans в сравнении с бесклеточной системой из эмбрионов дрозофилы.
Cтруктура вторичных siRNA недостаточно изучена, можно только сделать вывод о том, что они имеют примерно тот же размер, что и исходные siRNA. Однако их образование из двухцепочечной РНК предполагает, что эту функцию осуществляет Dicer , продуцируя siRNA, идентичные по структуре (но не последовательности) исходным siRNA.
Таким образом, процесс РНК-интерференции выглядит как деградирующая полимеразная цепная реакция, в которой первичные молекулы siRNA, выступая в качестве праймеров для синтеза новых молекул двухцепочечной РНК, приводят к образованию вторичных siRNA. Теоретически такой цикл может продолжаться до бесконечности, пока присутствует РНК, способная выступать в качестве матрицы для siRNA-праймеров.
