Табл. 1(vtr2). Словарь терминов молекулярной биологии
16S РНК - фрагмент гена рибосомной РНК.
Ампликон - результат ПЦР-амплификации, также известный как ПЦР-продукт.
к-ДНК - ДНК, скопированная с цепочки РНК, называется комплементарной ДНК.
Комплементарность - единичная цепочка ДНК состоит из аденина (A), гуанина (Г), цитозина (Ц) и тимина (Т) на сахарной и фосфатной основе. Две комплементарные цепочки соединяются вместе благодаря водородной связи между A и Т или Ц и Г.
Цикл - цикл ПЦР-амплификации состоит из денатурации, в процессе которой цепочки ДНК разделяются; присоединения или "отжига" праймеров.в результате которого получается праймер для гибридизации с контрольной ДНК; и достраивания, в результате которого ДНК-полимераза синтезирует новые ДНК, используя в качестве шаблона контрольную цепочку.
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота.
Электрофорез - разделение нуклеиновых кислот в агаровом геле путем пропускания через него электрического тока. Поскольку ДНК обладает отрицательным зарядом, она мигрирует в сторону анода.
Эвбактериальный праймер - ПЦР-праймеры, которые могут амплифицировать (копировать) ДНК различных бактерий благодаря разделенным цепочкам, содержащимся во фрагментах гена 16S рибосомной РНК.
Гибридизация - процесс смешивания зонда с контрольной ДНК таким образом, чтобы они были способны за счет водородной связи оснований соединяться друг с другом.
Мечение - методика, применяемая для определения наличия зонда.
и-РНК - информационная РНК, содержащая генетический код, необходимый для построения того или иного белка. И-РНК является РНК, скопировавшей необходимый участок гена.
Гнездная ПЦР - второй цикл ПЦР, использующий праймеры, которые все еще комплементарны к контрольной ДНК, но уже частично проникли внутрь первого набора праймеров. Это обстоятельство не только принуждает исходную ДНК к новым этапам амплификации, но и усиливает специфичность ПЦР.
ПЦР - полимеразная цепная реакция, применяемая для амплификации специфических фрагментов контрольной ДНК. Фрагменты, которые должны быть подвергнуты амплификации, располагаются двумя праймерами ПЦР.
ПЦР-праймер - короткий отрезок одноцепочечной ДНК, обычно имеющий длину в 18-25 оснований, который является комплементарным к началу или концу цепочки контрольной ДНК.
ПЦР-продукт - результат ПЦР-амплификации, также известный как ампликон.
Зонд - ДНК различной длины, которая является комплементарной к контрольной ДНК или к ее интересующему в данный момент фрагменту и которая также должна быть меченой.
Рестрикционная эндонуклеаза - один из многочисленных бактериальных ферментов, каждый из которых разрезает ДНК на определенные цепочки.
Реверсионная транскриптаза - фермент, выполняющий копирование ДНК по РНК-шаблону.
Геном - вся генетическая информация организма.
РНК - рибонуклеиновая кислота.
РТ-ПЦР - реверсионная транскриптаза ПЦР. С ее помощью при ПЦР шаблон РНК превращается в его к-ДНК до завершения процесса ПЦР.
Блот-анализ Саузерна - методика, в результате применения которой ДНК разделяется в геле с помощью электрофореза, после чего переносится на нейлоновую мембрану.
Контрольная ДНК - та часть ДНК, которая амплифицируется с помощью ПЦР или определяется с помощью меченого зонда.
Универсальный праймер - праймеры, которые способны амплифицировать ДНК, выделенную у широкого спектра бактерий и вирусов.
