Метод фланговых маркеров
Суть этого метода заключается в том, что одновременно контролируют рекомбинацию в пределах гена и рекомбинацию маркеров, тесно сцепленных соответственно, с левым и правым флангами генов.
Это единственный метод, позволяющий не только строить внутригенную карту, но и ориентировать ее по отношению к центромеру. Таким образом, например, был ориентирован по отношению к центромеру ген LYS2 . У прототрофных митотических рекомбинантов Lys+ определяли, произошел ли одновременно выход в гомозиготу дистального маркера his7 . Если этот маркер вышел в гомозиготу, то мутации расположены в одном порядке, в противном случае порядок расположения мутаций меняется. Случаи конверсии, не сопровождающиеся реципрокной рекомбинацией, не приводят к выходу в гомозиготу маркера his7 при любом расположении мутаций в гене LYS2.
К сожалению, не всегда удается подобрать удобно расположенные фланговые маркеры, и этот метод редко применяется в классической форме.
Был предложен метод ориентации точковых мутаций внутри гена, аналогичный методу фланговых маркеров. В качестве флангового маркера выступает двунитевой разрыв в плазмиде. Рекомбинанты дикого типа возникают с высокой частотой только, если мутация на плазмиде расположена проксимально, а мутация на фрагменте - дистально от сайта разрезания ( Kunes et al., 1987 ).
